问题是shell扩展了通配符（或尝试），然后将它们作为参数传递给xargs。这意味着它正在查找名称以“{}1_good"开头的文件，因此失败。由于没有匹配，因此传递（未展开）转换为xargs，它将“{}”替换为实际的前缀，但此时要将????部分视为通配符已经太晚了。
在我看来，最简单的解决方案是使用shell循环而不是xargs：

while read prefix; do
    STAR .... --readFilesIn "$Dir/${prefix}_1_good_"????.fq "$Dir/${prefix}_2_good_"????.fq --outFileNamePrefix .......
done <acc.txt

在这种形式中，shell将替换$Dir和${prefix}，然后 * 再 * 扩展通配符，所以它应该可以工作，但是要注意，如果它找到多个匹配项，它将继续包含所有匹配的文件，这可能会混淆STAR工具。
顺便说一句，如果你使用$prefix_1_good_，它会把_1_good_当作变量名的一部分，所以你必须使用${prefix}而不仅仅是$prefix。我还在变量扩展周围添加了双引号，因为这是很好的通用脚本卫生。