您可以选择匹配profile.php?，而不是将捕获组设置为可选：

facebook\.com/(?:profile\.php\?id=)?([\w.]+)

Regex demo

要回答问题“如何匹配字符串，但包含子字符串时除外”，可以执行负向前查找以在存在profile.php时排除匹配项

facebook\.com/(?!profile\.php)([a-zA-Z0-9_\.]+)?

那么只有您提供的前两个URL匹配，输出（组1）将是前两个URL中的用户名。

text='''\
facebook.com/user.1?eav=AfZbZ7Edw
facebook.com/user2?eav=AfZbZ7Edw
facebook.com/profile.php?id=123456789&eav=AfbDMOIcUI0Q3Vj
'''
pattern = r'facebook\.com/(?!profile\.php)([a-zA-Z0-9_\.]+)?'
print(re.findall(pattern, text)) # ['user.1', 'user2']

但是简单地排除存在子字符串的情况并不能得到第三种情况下的ID，需要一种不同的方法。
作为The fourth bird answered，您可以使用可选的非捕获组来匹配profile.php?id=，以处理这两种情况。
可能看起来像这样：

pattern = r'facebook\.com/(?:profile\.php\?id=)?([a-zA-Z0-9_\.]+)?'
print(re.findall(pattern, text)) # ['user.1', 'user2', '123456789']