您可能正在寻找名为submodules的Git功能。此功能可帮助您管理嵌套在主存储库中的依赖存储库。

将您的第三方库放在一个单独的存储库中，并使用子模块将它们与主项目相关联。下面是一个演练：Git Tools - Submodules（Pro Git book，2nd.）
在决定如何分割一个repo时，我通常会根据我修改它们的频率来决定。如果它是一个第三方库，并且你对它所做的更改只是升级到一个新版本，那么你绝对应该将它从主项目中分离出来。

为了完整起见：
还有一个解决方案，我建议：subtree merging .
与子模块相比，它更容易维护。你可以用正常的方式创建每个仓库。在主仓库中，你想合并另一个仓库的主仓库（或任何其他分支）到主目录的一个目录中。

$ git remote add -f ThirdPartyGitRepo /project_root/
$ git merge -s ours --no-commit ThirdPartyGitRepo/master
$ git read-tree --prefix=third_party_git_repository_used_by_my_project/ -u ThirdPartyGitRepo/master
$ git commit -m "Merge ThirdPartyGitRepo project as our subdirectory"`

然后，为了将另一个仓库拉到你的目录中（以更新它），使用子树合并策略：

$ git pull -s subtree ThirdPartyGitRepo master

我用这个方法已经很多年了，它很有效：-）
关于这种方式的更多信息，包括与子模块的比较，可以在这个git howto doc中找到。

你可以加上

/project_root/third_party_git_repository_used_by_my_project

到

/project_root/.gitignore

这应该可以防止嵌套的repo被包含在父repo中，并且您可以独立地使用它们。
但是：如果用户在父仓库中运行git clean -dfx，它会删除被忽略的嵌套仓库。另一种方法是符号链接文件夹并忽略符号链接。如果您随后运行git clean，符号链接会被删除，但'嵌套'仓库将保持不变，因为它实际上驻留在其他地方。

git-subtree将帮助您在单个树中处理多个项目 * 并 * 为它们保留可分离的历史。

总结。
我可以嵌套git仓库吗？
是的，但是默认情况下，git不会跟踪嵌套仓库的.git文件夹，Git有一些专门用来管理嵌套仓库的特性（请继续阅读）。
git init/add/project_root是否有意义，以简化本地管理，或者我必须单独管理my_project和第三方项目？
这可能没有意义，因为git有管理嵌套仓库的功能。Git内置的管理嵌套仓库的功能是submodule和subtree。
这里是a SO question，它涵盖了使用每一个的优点和缺点。

我会为每个项目使用一个仓库，这样，历史就更容易浏览了。
我也会检查我正在使用的第三方库的版本，进入使用它的项目的存储库。