每次调用fgec都会使文件指针前进。尝试调用一次：
int c = fgetc（fp）;
然后测试c的值。如果需要，可以存储它，或者再次执行循环。

在你的第一个if()语句中，有一点问题。当你这样做时：

if((fgetc(fp) == '\n') || (fgetc(fp) == '\r')){
        fgetc(fp); 
        array[i][j] = fgetc(fp);

实际上，我们调用了fgetc(fp)四次，其中两次是在if（）语句中，两次是在后面，也许我们更多地是在寻找类似下面这样的语句：

for(i = 0; i < rows; i++){
    for(j = 0; j < columns; j++){
        int test = fgetc(fp);
        if(test != '\n' && test != '\r')
            array[i][j] = test;
        //We want to "undo" the last j++ if we got a whitespace
        else
            j--;
        printf("i %d j %d char %c code %d\n", i, j, array[i][j], array[i][j]); 
     }
}

在本例中，每次迭代都只调用一次fgetc(fp)，如果它不是\n或\r，则将其放入数组中。
对不起，我对fgetc()没有什么经验。如果你发现我做的事情非常糟糕，请通知我！

我可以立即看到一个错误来源。在下面一行中：

if((fgetc(fp) == '\n') || (fgetc(fp) == '\r'))

有2个对fgetc的调用（）。这意味着如果第一次调用没有返回'\n'，则将进行另一次调用，然后将其返回值与'\r'进行比较。这会使文件指针前进两次，因为每次调用fgec时指针都会前进。更好的方法是获取一个字符，然后测试它是'\n'还是'\r'，如果为true，则通过另一次调用fgec来递增文件指针。例如：

char letter = fgetc(fp);
if((letter == '\n') || (letter == '\r')
...
...

试试这个，看看是否仍然得到相同的错误。

我相信你在你的求值语句中得到了两次字符。另外，通常CRLF（回车和换行）行尾字符可以是两个字符。阅读http://en.wikipedia.org/wiki/Newline了解详细信息。

#include <stdio.h>

int main ()
{
   FILE *fp;
   int c;

   fp = fopen("file.txt","r");
   if(fp == NULL) 
   {
      fprintf(stderr,"Error opening file");
      return(-1);
   }
   do
   {
      c = fgetc(fp);
      if ((c == '\n') || (c == '\r')) {
        fgetc(fp); // skip CR or LF and advance a character
      } else {
        printf("%c", c); // print all other characters
      }
   }while(c != EOF);

   fclose(fp);

   return(0);
}

这是一个快速击中的代码从内存。我没有一个编译器现成的，但我认为这是正确的。