numpy Biopython软件包

z5btuh9x  于 2023-03-23  发布在  Python
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我安装了Bio并更新了它,但我又得到了这个错误。

>>> from Bio.SubsMat import MatrixInfo

ModuleNotFoundError: No module named 'Bio.SubsMat'

我删除并重新安装了几次,但问题没有解决。

e1xvtsh3

e1xvtsh31#

Bio.SubsMat已经被弃用了一段时间。这意味着MatrixInfo方法也被弃用了。阅读Biopython 1.75(从2019年11月开始)的注解,它指出:
在Bio.Align中添加了一个新的模块substitution_matrices,其中包含一个可以用作替换矩阵的Array类。由于Array类是numpy数组的子类,因此可以直接对其应用数学运算,并且使用替换矩阵的C代码可以直接访问存储在替换矩阵中的数值。该模块旨在取代Bio.SubsMat,目前未维护。
目前,当你安装Biopython的时候,似乎没有安装SubsMat子模块。因此,你会得到你的错误!要解决这个问题,请尝试使用Bio.Align中的substitution_matrices模块。如果没有替代MatrixInfo方法的替代方法,你可以总是安装包含它的biopython旧版本。你首先必须删除你的biopython版本:

pip uninstall biopython

然后安装旧版本的biopython

pip install biopython==1.76

已知Biopython 1.76仍然包含Bio.SubsMat.MatrixInfo模块。您可以通过查看1.76的documentation进行验证。

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