您的html标记错误。您尚未关闭第一个ul。

$(document).on('click', '.tree label', function(e) {
  $(this).next('ul').fadeToggle();
  e.stopPropagation();
});

<script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/jquery/3.3.1/jquery.min.js"></script>
<ul class="tree">
  <li class="has">
    <label class="container">ROOT<span class="total">(12) </span>
<input type="checkbox" name="domain[]" value="ROOT">
<span class="checkmark"></span></label>

    <ul style="display: none;">
      <li><label class="container">CHILD<input type="checkbox" name="subject[]" value="CHILD"><span class="checkmark"></span></label></li>
    </ul>
</ul>

它不会为我淡出。这里有一个截图

你最后一次编辑添加了一个</li></ul>，但它们放错了位置-</ul>根本不是必需的，<li>应该在第一个复选框之后。我已经在下面的代码中删除了它们。
代码片段没有显示您描述的问题-CHILD根本没有显示。这是因为.next()选择了the next sibling。Sibling意味着DOM树中同一级别的元素，但您正在寻找<label>的兄弟。如果您正确格式化HTML，则更容易看到：

<ul class="tree">
    <li class="has">
        <label class="container">ROOT
            <span class="total">(12)</span>
            <input type="checkbox" name="domain[]" value="ROOT">
            <span class="checkmark"></span>
        </label>
        <!-- This is where any siblings of $('.tree label') would be -->
    </li> <!-- This /li is missing from your HTML -->
</ul>

如果你在页面上有一系列这样的事件，并且逻辑是你真的想要下一个，你可以使用.closest()来找到事件click的父ul，然后使用.next()来获得下面的ul。像这样：
x一个一个一个一个x一个一个二个x