pandas pivot和pivot_table的区别,为什么只有pivot_table可以工作?

dpiehjr4  于 2023-03-28  发布在  其他
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我有以下 Dataframe 。

df.head(30)

     struct_id  resNum score_type_name  score_value
0   4294967297       1           omega     0.064840
1   4294967297       1          fa_dun     2.185618
2   4294967297       1      fa_dun_dev     0.000027
3   4294967297       1     fa_dun_semi     2.185591
4   4294967297       1             ref    -1.191180
5   4294967297       2            rama    -0.795161
6   4294967297       2           omega     0.222345
7   4294967297       2          fa_dun     1.378923
8   4294967297       2      fa_dun_dev     0.028560
9   4294967297       2      fa_dun_rot     1.350362
10  4294967297       2         p_aa_pp    -0.442467
11  4294967297       2             ref     0.249477
12  4294967297       3            rama     0.267443
13  4294967297       3           omega     0.005106
14  4294967297       3          fa_dun     0.020352
15  4294967297       3      fa_dun_dev     0.025507
16  4294967297       3      fa_dun_rot    -0.005156
17  4294967297       3         p_aa_pp    -0.096847
18  4294967297       3             ref     0.979644
19  4294967297       4            rama    -1.403292
20  4294967297       4           omega     0.212160
21  4294967297       4          fa_dun     4.218029
22  4294967297       4      fa_dun_dev     0.003712
23  4294967297       4     fa_dun_semi     4.214317
24  4294967297       4         p_aa_pp    -0.462765
25  4294967297       4             ref    -1.960940
26  4294967297       5            rama    -0.600053
27  4294967297       5           omega     0.061867
28  4294967297       5          fa_dun     3.663050
29  4294967297       5      fa_dun_dev     0.004953

根据pivot文档,我应该能够使用pivot函数在score_type_name上对它进行整形。

df.pivot(columns='score_type_name',values='score_value',index=['struct_id','resNum'])

但是,我得到以下结论。

但是,pivot_table函数似乎起作用了:

pivoted = df.pivot_table(columns='score_type_name',
                         values='score_value',
                         index=['struct_id','resNum'])

但是,至少对我来说,它不适合于进一步分析。我希望它只包含struct_id、resNum和score_type_name列,而不是将score_type_name堆叠在其他列的顶部。此外,我希望struct_id适用于每一行,而不是像表那样聚集在连接行中。
那么谁能告诉我如何使用pivot得到一个我想要的好的Dataframe呢?另外,从文档中,我不能告诉为什么pivot_table工作而pivot不工作。如果我看一下pivot的第一个例子,它看起来正是我所需要的。
Pidoss.我确实发布了一个关于这个问题的问题,但是我在演示输出方面做得很差,我删除了它,并再次尝试使用ipython notebook。如果你看到这两次,我提前道歉。
Here is the notebook for your full reference
编辑-我想要的结果看起来像这样(在excel中):

StructId    resNum  pdb_residue_number  chain_id    name3   fa_dun  fa_dun_dev  fa_dun_rot  fa_dun_semi omega   p_aa_pp rama    ref
4294967297  1   99  A   ASN 2.1856  0.0000      2.1856  0.0648          -1.1912
4294967297  2   100 A   MET 1.3789  0.0286  1.3504      0.2223  -0.4425 -0.7952 0.2495
4294967297  3   101 A   VAL 0.0204  0.0255  -0.0052     0.0051  -0.0968 0.2674  0.9796
4294967297  4   102 A   GLU 4.2180  0.0037      4.2143  0.2122  -0.4628 -1.4033 -1.9609
4294967297  5   103 A   GLN 3.6630  0.0050      3.6581  0.0619  -0.2759 -0.6001 -1.5172
4294967297  6   104 A   MET 1.5175  0.2206  1.2968      0.0504  -0.3758 -0.7419 0.2495
4294967297  7   105 A   HIS 3.6987  0.0184      3.6804  0.0547  0.4019  -0.1489 0.3883
4294967297  8   106 A   THR 0.1048  0.0134  0.0914      0.0003  -0.7963 -0.4033 0.2013
4294967297  9   107 A   ASP 2.3626  0.0005      2.3620  0.0521  0.1955  -0.3499 -1.6300
4294967297  10  108 A   ILE 1.8447  0.0270  1.8176      0.0971  0.1676  -0.4071 1.0806
4294967297  11  109 A   ILE 0.1276  0.0092  0.1183      0.0208  -0.4026 -0.0075 1.0806
4294967297  12  110 A   SER 0.2921  0.0342  0.2578      0.0342  -0.2426 -1.3930 0.1654
4294967297  13  111 A   LEU 0.6483  0.0019  0.6464      0.0845  -0.3565 -0.2356 0.7611
4294967297  14  112 A   TRP 2.5965  0.1507      2.4457  0.5143  -0.1370 -0.5373 1.2341
4294967297  15  113 A   ASP 2.6448  0.1593          0.0510      -0.5011
jmp7cifd

jmp7cifd1#

对于任何仍然对pivotpivot_table之间的区别感兴趣的人来说,主要有两个区别:

  • pivot_tablepivot的泛化,可以处理一个透视索引/列对的重复值。具体来说,可以使用关键字参数aggfuncpivot_table提供聚集函数列表。pivot_table的默认值aggfuncnumpy.mean
  • pivot_table还支持将多列用于透视表的索引和列。将自动生成分层索引。

参考:pivotpivot_table

bxgwgixi

bxgwgixi2#

另一个警告:
pivot_table将只允许数值类型为“values=",而pivot将接受字符串类型为“values="。

ou6hu8tu

ou6hu8tu3#

我调试了一下。

  • DataFrame.pivot()DataFrame.pivot_table()是不同的。
  • pivot()不接受索引列表。
  • pivot_table()接受

在内部,它们都使用reset_index()/stack()/unstack()来完成这项工作。
pivot()只是简单使用的捷径,我想。

htrmnn0y

htrmnn0y4#

pivot()用于不进行聚合的透视,因此,它不能处理一个索引/列对的重复值。
由于这里您的index=['struct_id','resNum']有多个副本,因此透视不起作用。
但是,pivot_table将工作,因为它将通过聚合重复值来处理它们。

ylamdve6

ylamdve65#

我不太明白,但我会给予看的。我通常用堆叠/解堆叠代替旋转,这更接近你想要的吗?

df.set_index(['struct_id','resNum','score_type_name']).unstack()

                  score_value                                              
score_type_name        fa_dun fa_dun_dev fa_dun_rot fa_dun_semi     omega   
struct_id  resNum                                                           
4294967297 1         2.185618   0.000027        NaN    2.185591  0.064840   
           2         1.378923   0.028560   1.350362         NaN  0.222345   
           3         0.020352   0.025507  -0.005156         NaN  0.005106   
           4         4.218029   0.003712        NaN    4.214317  0.212160   
           5         3.663050   0.004953        NaN         NaN  0.061867   

score_type_name     p_aa_pp      rama       ref  
struct_id  resNum                                
4294967297 1            NaN       NaN -1.191180  
           2      -0.442467 -0.795161  0.249477  
           3      -0.096847  0.267443  0.979644  
           4      -0.462765 -1.403292 -1.960940  
           5            NaN -0.600053       NaN

我不知道为什么你的透视不起作用(在我看来它应该起作用,但我可能是错的),但如果我不使用'struct_id',它看起来确实起作用了(或者至少没有给予错误)。当然,对于完整的数据集,如果您有多个不同的'struct_id'值,这不是一个真正有用的解决方案。

df.pivot(columns='score_type_name',values='score_value',index='resNum')

score_type_name    fa_dun  fa_dun_dev  fa_dun_rot  fa_dun_semi     omega  
resNum                                                                     
1                2.185618    0.000027         NaN     2.185591  0.064840   
2                1.378923    0.028560    1.350362          NaN  0.222345   
3                0.020352    0.025507   -0.005156          NaN  0.005106   
4                4.218029    0.003712         NaN     4.214317  0.212160   
5                3.663050    0.004953         NaN          NaN  0.061867   

score_type_name   p_aa_pp      rama       ref  
resNum                                         
1                     NaN       NaN -1.191180  
2               -0.442467 -0.795161  0.249477  
3               -0.096847  0.267443  0.979644  
4               -0.462765 -1.403292 -1.960940  
5                     NaN -0.600053       NaN

编辑以添加:reset_index()将从多索引(分层)转换为更扁平的样式。列名中仍然有一些层次结构,有时最简单的方法就是执行df.columns=['var1','var2',...],尽管如果您执行一些搜索,还有更复杂的方法。

df.set_index(['struct_id','resNum','score_type_name']).unstack().reset_index()

struct_id resNum score_value                            
score_type_name                         fa_dun fa_dun_dev fa_dun_rot   
0                4294967297      1    2.185618   0.000027        NaN   
1                4294967297      2    1.378923   0.028560   1.350362   
2                4294967297      3    0.020352   0.025507  -0.005156   
3                4294967297      4    4.218029   0.003712        NaN   
4                4294967297      5    3.663050   0.004953        NaN
zzzyeukh

zzzyeukh6#

要将从pivot_table调用获得的 Dataframe 转换为所需格式:

pivoted.columns.name=None  ## remove the score_type_name
result = pivoted.reset_index()  ## puts index columns back into dataframe body
xienkqul

xienkqul7#

给定的代码片段可以帮助您进一步扁平化 Dataframe 的外观

df.set_index(['struct_id','resNum','score_type_name']).unstack().reset_index()
df.loc[:,['struct_id','resNum','fa_dun','fa_dun_dev','fa_dun_rot']]
qrjkbowd

qrjkbowd8#

在调用pivot之前,我们需要确保数据中没有指定列重复值行。
具有重复给予的透视

Index contains duplicate entries, cannot reshape

如果我们不能确保这一点,我们可能不得不使用pivot_table方法。
有关更详细的说明,请访问下面的链接
https://nikgrozev.com/2015/07/01/reshaping-in-pandas-pivot-pivot-table-stack-and-unstack-explained-with-pictures/

vyu0f0g1

vyu0f0g19#

使用函数pivot可以转换单个单元格(baz)插入结果表中的单个单元格。但是,如果您有重复的索引列(foo & bar)对,如第二示例中,你需要聚集(在我的示例中为sum)原始表中的几个单元格以获得结果表中的单个单元格。pivot在这种情况下失败,注意,pivot_table的默认聚合函数是"mean",您可以将pivot_table应用于这两种情况并获得相同的结果。

**一个

**第一个e第一个f第一个x

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