所以我使用RDKit和Python将SMILES字符串转换为ECFP4指纹，我的代码如下所示。我得到了一个错误，但我也检查了这里的this question，但我似乎有正确的代码？但为什么我仍然得到一个错误？
是否有其他方法来编码此内容？
bits = 1024
PandasTools.AddMoleculeColumnToFrame(data, smilesCol='SMILES')
data_ECFP4 = [AllChem.GetMorganFingerprintAsBitVect(x, 3, nBits = bits) for x in data['ROMol']]
data_ecfp4_lists = [list(l) for l in data_ECFP4]
ecfp4_name = [f'B{i+1}' for i in range(1024)]
data_ecfp4_df = pd.DataFrame(data_ecfp4_lists, index = data.TARGET, columns = ecfp4_name)我得到的错误是：
参数错误：rdkit.Chem.rdMolDescriptors.GetMorganFingerprintAsBitVect（NoneType，int）中的Python参数类型与C++签名不匹配：GetMorganFingerprintAsBitVect（class RDKit：：ROMol mol，int radius，unsigned int nBits=2048，class boost：：python：：API：：object invariants=[]，class boost：：python：：api：：object fromAtoms=[]，bool useChirality=False，bool useBondTypes=True，bool useFeatures=False，class boost：：python：：api：：object bitInfo=None，bool includeRedundantEnvironments=False）
1条答案
按热度按时间ifsvaxew1#
很可能你的列表包含不规则的值，比如'None'，nan，或者只是空的项目。在你的代码中，'x'应该对应一个字符串。