Linux服务器模块加载问题

j8ag8udp  于 2023-03-29  发布在  Linux
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我使用Linux服务器,如果我通过shell脚本模块加载,则不可用。
这是shell脚本

source /cvmfs/software.xxxx.yyyyy/modulefiles/5.1.0/loadmodules
module add unicycler-0.5.0
module add pymol

module list 

unicycler --help

这是输出(第20行不合适,因为这里没有原始脚本中的qsub设置)

Loading unicycler/0.5.0
  Loading requirement: intelcdk/17.1 htslib/1.9 samtools/1.9 blast/2.7.1
    bowtie2/2.3.5.1 gcc/8.3.0 glibc/2.27 spades/3.15.4 racon/1.4.3
    pilon/1.22-intel-19.0.4-6enqoaq ale/1
Currently Loaded Modulefiles:
 1) metabase/1             8) glibc/2.27 <aL>                       
 2) intelcdk/17.1 <aL>     9) spades/3.15.4 <aL>                    
 3) htslib/1.9 <aL>       10) racon/1.4.3 <aL>                      
 4) samtools/1.9 <aL>     11) pilon/1.22-intel-19.0.4-6enqoaq <aL>  
 5) blast/2.7.1 <aL>      12) ale/1 <aL>                            
 6) bowtie2/2.3.5.1 <aL>  13) unicycler/0.5.0                       
 7) gcc/8.3.0 <aL>        14) pymol/2.3.4                           

Key:
<module-tag>  <aL>=auto-loaded  
/var/spool/pbs/mom_priv/jobs/14831393.xxxx.yyyyy.zzzz.SC: line 20: unicycler: command not found

为什么我得到这个错误,即使unicycler已经加载?
我尝试了许多修改和不同的路径。其他模块工作正常。而且如果我直接连接到机器,我可以到达unicycler模块,但不是从脚本。

whitzsjs

whitzsjs1#

在运行unicycler命令之前,您可以使用以下命令输出unicycler/0.5.0模块的内容:

module show unicycler/0.5.0

这个模块应该将unicycler的bin目录附加到PATH环境变量。您应该在上一个命令的输出中找到如下内容:

prepend-path PATH /path/to/unicycler-0.5.0/bin

如果unicycler/0.5.0模块没有改变PATH环境变量,这就是找不到unicycler命令的原因。应该更新模块文件,将二进制目录添加到PATH
如果unicycler/0.5.0模块将目录添加到PATH,请检查此目录是否存在并包含unicycler命令

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