我使用Linux服务器,如果我通过shell脚本模块加载,则不可用。
这是shell脚本
source /cvmfs/software.xxxx.yyyyy/modulefiles/5.1.0/loadmodules
module add unicycler-0.5.0
module add pymol
module list
unicycler --help
这是输出(第20行不合适,因为这里没有原始脚本中的qsub设置)
Loading unicycler/0.5.0
Loading requirement: intelcdk/17.1 htslib/1.9 samtools/1.9 blast/2.7.1
bowtie2/2.3.5.1 gcc/8.3.0 glibc/2.27 spades/3.15.4 racon/1.4.3
pilon/1.22-intel-19.0.4-6enqoaq ale/1
Currently Loaded Modulefiles:
1) metabase/1 8) glibc/2.27 <aL>
2) intelcdk/17.1 <aL> 9) spades/3.15.4 <aL>
3) htslib/1.9 <aL> 10) racon/1.4.3 <aL>
4) samtools/1.9 <aL> 11) pilon/1.22-intel-19.0.4-6enqoaq <aL>
5) blast/2.7.1 <aL> 12) ale/1 <aL>
6) bowtie2/2.3.5.1 <aL> 13) unicycler/0.5.0
7) gcc/8.3.0 <aL> 14) pymol/2.3.4
Key:
<module-tag> <aL>=auto-loaded
/var/spool/pbs/mom_priv/jobs/14831393.xxxx.yyyyy.zzzz.SC: line 20: unicycler: command not found
为什么我得到这个错误,即使unicycler已经加载?
我尝试了许多修改和不同的路径。其他模块工作正常。而且如果我直接连接到机器,我可以到达unicycler模块,但不是从脚本。
1条答案
按热度按时间whitzsjs1#
在运行
unicycler
命令之前,您可以使用以下命令输出unicycler/0.5.0
模块的内容:这个模块应该将unicycler的bin目录附加到
PATH
环境变量。您应该在上一个命令的输出中找到如下内容:如果
unicycler/0.5.0
模块没有改变PATH
环境变量,这就是找不到unicycler
命令的原因。应该更新模块文件,将二进制目录添加到PATH
。如果
unicycler/0.5.0
模块将目录添加到PATH
,请检查此目录是否存在并包含unicycler
命令