因为你使用的是RStudio，我会参考他们提供的文档。具体来说，Markdown Documents，可以通过点击“Knit”旁边的问号下拉菜单访问，选择“Using R Markdown”，这会带你到他们的网页。从那里，选择“Formats〉Markdown”。
该页面显示，如果您在YAML中包含以下内容（文档的第一行，不同类型的 meta/markup作为markdown），则输出将是.md文件：

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title: "Habits"
author: John Doe
date: March 22, 2005
output: md_document
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(The唯一相关的部分是output:部分。）事实上，既然你提到了gh-pages，你可能（虽然不一定）想选择github风格的markdown，而不是这样：

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title: "Habits"
author: John Doe
date: March 22, 2005
output:
  md_document:
    variant: markdown_github
---

从这里，点击“Knit”按钮，您将获得.Rmd到.md的转换。