你的问题在于在函数作用域内设置i变量。所以每次你调用changeBgC（）时，它都会设置i = 0。
在函数外声明i，它应该可以工作

let i = 0;
function changeBgC(){
    if (i % 2 === 0){
        document.querySelector('.body').style.backgroundColor = "#29fd53"
        console.log(i);
        i+=1
    }else{
        document.querySelector('.body').style.backgroundColor = "#222327"
        i+=1
    }
}

这可以通过使用class而不是function来实现。这样就可以封装i变量。我使用了私有成员（#），因为它们在类外部不需要。

class backg {

#i=0;
#elem=document.body.style;

change() {
  this.#i=!this.#i;
  this.#elem.backgroundColor = this.#i?"#29fd53":"#222327";
 }
}

bkg=new backg();

.body{
    width: 100%;
    height: 100vh;
    min-height: 100vh;
    background: #222327;
}

<div class="box">
<button onclick="bkg.change();" class="menuButton">≣</button>
</div>

正如@Teemu上面提到的getComputedStyle()返回一个rgb()值，所以要获得HEX代码，你可以使用css变量，而不是写一个函数来从RGB转换到HEX，

用于删除尾随空格的trim函数

function changeBgC(){
  let bgColor = getComputedStyle(document.body).getPropertyValue('--bg-color').trim();
  if(bgColor == "#222327"){
    document.body.style.setProperty('--bg-color', '#29fd53');
  } else {
    document.body.style.setProperty('--bg-color', '#222327');
  }
}

body{
   --bg-color: #222327;
    width: 100%;
    height: 100vh;
    min-height: 100vh;
    background-color: var(--bg-color);
}

<div class="box">
  <button onclick="changeBgC()" class="menuButton">≣</button>
</div>

不要使用JavaScript直接改变元素的样式来切换主题。

但是，切换主题的更好解决方案是使用CSS变量，而不是直接使用JavaScript更改元素的样式。
这种方法有几个好处，包括更好的性能，更容易维护，更灵活。下面是一个如何使用CSS变量在浅色和深色主题之间切换的示例：
1.使用CSS变量更改颜色：

.theme-light {
  --bg-primary: #29fd53;
}

.theme-dark {
  --bg-primary: #222327;
}

body {
  background: var(--bg-primary);
}

1.切换主题：

function switchTheme() {
    let themes = ['theme-light', 'theme-dark'];
    let currentTheme = [...document.body.classList].find(c => themes.includes(c)) ?? themes[0]
    let nextTheme = themes[themes.indexOf(currentTheme)+1] ?? themes[0]
    document.body.classList.remove(...themes) // removes all theme classes, including the current one
    document.body.classList.add(nextTheme)
}

1. HTML代码段：

<div class="box">
  <button onclick="switchTheme()" class="menuButton">≣</button>
</div>

1.别忘了为主体添加一个初始类，其中包含以下主题之一：
一个三个三个一个