正如你所发现的，你的尝试不起作用的原因是因为只有一个lastElapsedTime。一旦第二个动作（0.25秒后开始的动作）开始，单个lastElapsedTime变量就会被第二个动作的运行时间覆盖。
换句话说，闭包同时接收第一个和第二个操作的运行时间，您无法区分它是哪一个。
解决这个问题的一个简单方法是不要重复使用move操作两次。

let move1 = SKAction.moveX(by: 5.0, duration: 1)
let move2 = SKAction.moveX(by: 5.0, duration: 1)
node.run(.group([move1, .sequence([.wait(forDuration: 0.25), move2]])))

现在有两个lastElapsedTime。
内置的move不是使用customAction实现的。比较这些方法创建的类型：

type(of: SKAction.moveBy(x: 100, y: 100, duration: 1)) // SKMove
type(of: SKAction.customAction(withDuration: 1, actionBlock: { _, _ in })) // SKCustomAction

你可以在这里找到这些标题：SKMove.hSKCustomAction.h。它们分别有SKCMove和SKCCustomAction作为其成员。
似乎每个内置动作都有这样一个类，SKAction中的工厂可能只是调用了这些类中的工厂。
我还发现在SKCMove中有一个名为cpp_updateWithTargetForTime(SKCNode*, double)的方法。这似乎也存在于所有以SKC为前缀的action类中。据推测，如何执行action的实际实现都写在这个方法中。
该方法可能可以访问我们的代码无法访问的内容，包括但不限于自上一帧以来的时间，因此能够计算节点应该移动多少。
从技术上讲，您也可以获得自场景中最后一帧以来的时间，如下所示：

// in MyScene
var timeSinceLastFrame: Double = 0
var lastFrame: Double?
override func update(_ currentTime: TimeInterval) {
    if let lastFrame = self.lastFrame {
        timeSinceLastFrame = currentTime - lastFrame
    }
    lastFrame = currentTime
}

然后，您可以编写一个moveX方法，其工作方式与内置方法非常相似，但仅限于MyScene。

static func moveX(by amount: CGFloat, duration: CGFloat) -> SKAction {
    let speed = amount / duration
    return .customAction(withDuration: duration) { node, elapsedTime in
        if elapsedTime > 0 {
            let timePassed = (node.scene as! MyScene).timeSinceLastFrame
            node.position.x += timePassed * speed
        }
    }
}