标头punti.h声明名称Punto作为指针类型struct punto *到不完整类型struct punto的别名。

//punti.h
typedef struct punto *Punto;

此头文件包含在头文件item.h中，其中声明了typedef名称item，作为在函数eq的参数声明列表中使用的typedef名称Punto的别名：

//item.h
#include "punti.h"
typedef Punto item;

int eq(item x, item y);

typedef名称Punto和item仍然表示指向不完整结构类型的指针类型。它们可以在函数声明中使用，因为指针本身总是完整类型。
但是在模块item.c中，在函数eq的定义中，使用表达式来访问不完整结构类型struct punto的数据成员

//item.c
#include <stdio.h>
#include "item.h"
#include "punti.h"

int eq(item it1, item it2)
{
    return it1->x == it2->x; //the problem is here
}

此时，编译器不知道结构struct punto是否确实包含数据成员x。因此它会发出错误。您需要在试图访问结构的数据成员的模块中包含完整的结构声明。否则编译器将报告错误。

struct punto的定义需要为item.c所知（例如，包含在punti.h中）。

// punti.h
struct punto
{
    double x;
    double y;
};

typedef struct punto *Punto;

你可以把typedef看作一个别名。“typedef声明提供了一种方法来声明一个标识符作为类型别名，用于替换可能复杂的类型名”（cppreference）。编译器几乎只是用它定义的内容替换typedef。你的函数相当于：

int eq(struct punto* it1, struct punto* it2)
{
    return it1->x == it2->x;
}

因此，它需要知道struct punto的定义。
如果你不想让struct punto的定义被人知道，你需要提供一种访问其成员的替代方法。例如：
Stack overflow - what defines an opaque type in c
一个一个二个一个一个一个三个一个一个一个一个一个四个一个
谢谢@Someprogrammerdude的想法。