.bash_profile只被bash（你的命令行解释器）读取。但是如果你想为PyCharm保留bash环境，有一个真正的Linux方法。
从命令行（从bash）运行PyCharm。因此环境变量将从bash继承到pycharm。阅读$man environ以了解Linux环境继承过程的信息。因此，您所需要的只是从命令行启动${PATH_TO_PYCHARM}/bin/pycharm.sh。或者创建启动器，调用bash启动PyCharm。
就是这样！希望对你有用。

如果您使用的是PyCharm 2016.3版本，并且注意到您的PyCharm终端不再提供与您的MacOs终端环境相同的默认环境，则应在2016.3.1版本中修复bug-无论何时发布。同时，以下是一个解决方案，应该“默认”所有PyCharm项目都支持更像PyCharm-Terminal的MacOS-Terminal：

创建一个~/.bashrc文件，内容如下：source /etc/bashrc source /etc/bashrc_Apple_Terminal source ~/.bash_profile

这个 * 应该 * 设置你的PyCharm终端（* 交互式bash会话 ），并使其类似于MacOS终端（ 登录bash会话 *）。一旦JetBrains补丁和发布2016.3.1，我建议删除这个~/.bashrc文件。希望这将让我们都恢复正常。

另一种方法是通过在PY_CHARM_INSTALL_DIR/bin/pycharm.sh中添加一行. /path/to/script来获取设置环境变量（例如.bash_profile）的脚本。
之后，你可以使用quick-lunch或其他方法运行pycharm，你的变量就会在那里。

编辑：澄清此解决方案适用于PyCharm 2016.3.0
建议您只运行以下命令

source ~/.bash_profile

在每个终端会话开始时，直到2016.3.1发布。
但是，有一个解决这个错误的方法。终端脚本似乎有两个函数名颠倒，所以必须重命名它们。

需要编辑应用的终端插件脚本，不推荐使用。

在MacOSX上，如果PyCharm是全局安装的，则位于此处（不确定其他位置）：

cd /Applications/PyCharm.app/Contents/plugins/terminal

使用您选择的文本处理器编辑'jediterm-bash.in'文件。如果应该看起来像这样：

#!/bin/bash

function load_login_configs {
  #       When bash is invoked as an interactive login shell, or as a  non-interac-
  #       tive  shell with the --login option, it first reads and executes commands
  #       from the file /etc/profile, if that  file  exists.   After  reading  that
  #       file,  it  looks  for  ~/.bash_profile, ~/.bash_login, and ~/.profile, in
  #       that order, and reads and executes  commands  from  the  first  one  that
  #       exists  and  is  readable.

  if [ -f /etc/profile ]; then
     source /etc/profile
  fi

  if [ -f ~/.bash_profile ]; then
     source ~/.bash_profile
  else
     if [ -f ~/.bash_login ]; then
        source ~/.bash_login
     else
        if [ -f ~/.profile ]; then
           source ~/.profile
        fi
     fi
  fi
}

function load_interactive_configs {
  if [ -f ~/.bashrc ]; then
       source ~/.bashrc
  fi
}

if [ `shopt -q login_shell` ]; then
  load_login_configs
fi

load_interactive_configs

# mappings for Ctrl-left-arrow and Ctrl-right-arrow for word moving
bind '"\e\e[C":forward-word'
bind '"\e\e[D": backward-word'
bind '"\e\O[C":forward-word'
bind '"\e\O[D": backward-word'

function generate_command_executed_sequence() {
   printf '\e\7'
}

export -f generate_command_executed_sequence

#generate escape sequence after command is executed to notify jediterm emulator
trap "generate_command_executed_sequence" DEBUG

if [ -n "$JEDITERM_USER_RCFILE" ]
then
  source $JEDITERM_USER_RCFILE
fi

if [ -n "$JEDITERM_SOURCE" ]
then
  source $JEDITERM_SOURCE
fi

重命名以下函数：
load_login_configs =〉load_interactive_configs
load_interactive_configs =〉load_login_configs
最后的脚本应该是：

#!/bin/bash

function load_interactive_configs {
  #       When bash is invoked as an interactive login shell, or as a  non-interac-
  #       tive  shell with the --login option, it first reads and executes commands
  #       from the file /etc/profile, if that  file  exists.   After  reading  that
  #       file,  it  looks  for  ~/.bash_profile, ~/.bash_login, and ~/.profile, in
  #       that order, and reads and executes  commands  from  the  first  one  that
  #       exists  and  is  readable.

  if [ -f /etc/profile ]; then
     source /etc/profile
  fi

  if [ -f ~/.bash_profile ]; then
     source ~/.bash_profile
  else
     if [ -f ~/.bash_login ]; then
        source ~/.bash_login
     else
        if [ -f ~/.profile ]; then
           source ~/.profile
        fi
     fi
  fi
}

function load_login_configs {
  if [ -f ~/.bashrc ]; then
       source ~/.bashrc
  fi
}

if [ `shopt -q login_shell` ]; then
  load_login_configs
fi

load_interactive_configs

# mappings for Ctrl-left-arrow and Ctrl-right-arrow for word moving
bind '"\e\e[C":forward-word'
bind '"\e\e[D": backward-word'
bind '"\e\O[C":forward-word'
bind '"\e\O[D": backward-word'

function generate_command_executed_sequence() {
   printf '\e\7'
}

export -f generate_command_executed_sequence

#generate escape sequence after command is executed to notify jediterm emulator
trap "generate_command_executed_sequence" DEBUG

if [ -n "$JEDITERM_USER_RCFILE" ]
then
  source $JEDITERM_USER_RCFILE
fi

if [ -n "$JEDITERM_SOURCE" ]
then
  source $JEDITERM_SOURCE
fi

保存并重新启动PyCharm，你应该可以开始了。

不幸的是，在Mac OS X中，图形应用程序不会继承你的.bash_profile配置。我发布了OSX 10.11的更新解决方案，关于如何在GUI级别设置环境变量：
有一个有用的repo叫做osx-env-sync，它读取~/.bash_profile，并为GUI应用程序设置导出的环境变量。在复制2个文件并运行github页面上描述的其他2个命令后，Pycharm可以在快速启动中启动，并提供bash_profile中定义的全局变量。
This链接提供了进一步的背景信息。

我实际上刚刚找到了一个在PyCharm 2017.1.2中工作的解决方案
取消勾选工具〉终端〉“shell集成”
来源：来自@Federicojama的回答，靠近页面底部https://intellij-support.jetbrains.com/hc/en-us/community/posts/208567485-Pycharm-terminal-is-missing-part-of-PATH

我是一个白痴，完全忘记了我在虚拟环境中工作！source /.profile命令需要在终端中激活的虚拟环境中运行！我想有些人可能有一天很辛苦（或类似的大脑功能障碍），并发现这很有帮助。

对我来说，工作不是从应用程序运行pycharm，而是从使用chram的终端运行。然后它继承了所有的env变量和路径

我在OSX上使用pycharm。Pycharm > Preferences > Terminal的shell路径为/bin/zsh。但是这个shell环境与我的其他终端模拟器（如iTerm）不同步。例如，我的conda环境没有初始化（甚至没有基本环境）。
解决方案：将shell路径从/bin/zsh更改为/usr/bin/env zsh对我来说解决了一些问题。对于bash，将shell路径添加为/usr/bin/env bash应该可以。