试着给一个别名指定一个顺序.

SELECT UPPER(Agency) AS agency_upper, COUNT(*) AS Num=Complaints
FROM data
GROUP BY agency_upper
ORDER BY agency_upper DESC

DEMO
如果不这样做，您将按每个组中的随机元素进行排序，而这些元素可能是大小写的混合，这会影响排序。

首先：你确定你正在尝试按Agency排序，而不是Count（否则你为什么要按DESC顺序排序？）
SQLite默认情况下使用不区分大小写的排序，所以我不相信在UPPER(Agency)或Agency上分组会有什么不同。你可以在这里用这个查询来测试：

with data as (
  select "police" as agency union all
  select "Transportation" union all
  select "transportation"
)   
SELECT UPPER(Agency), COUNT(*) AS NumComplaints
FROM data
GROUP BY Agency
ORDER BY 2 DESC -- or change to "ORDER BY 1" to order on agency

您可以尝试使用查询here。
此外，您还可以手动指定排序规则是按不区分大小写的字符串分组还是按区分大小写的字符串分组。例如：

-- ignore case: 'a' = 'A'
GROUP BY Agency COLLATE NOCASE

或者：

-- exact case: 'a' != 'A'
GROUP BY Agency COLLATE BINARY

https://www.sqlite.org/datatype3.html#:~:text=7.%20Collating%20Sequences