根据你所说的，所有的字段都是双引号的。看起来你应该匹配引号字符串，而不是关注逗号（字段中间可能会出现逗号）。
最简单的方法是找到所有的"(""|[^"]*)*"，然后在后处理步骤中清除双引号。
看起来相当可怕的逃生的地方！

String input = "\"AAA\",\"BBB\",\"CCC\",\"DDD\",\"EE\"\"E\",\"FFF\",\"GGGGG\",\"HHHHHHHHHHHHHHHH\"";

   List<String> cleanMatches = new ArrayList<String>();
   Matcher m = Pattern.compile("\"((\"\"|[^\"]*)*)\"").matcher(input);

   while (m.find()) {
     // Replace the doubled double-quotes with single double-quotes.
     // group(1) does not include the enclosing quotes.

     cleanMatches.add(m.group(1).replace("\"\"", "\""));
   }

输出：

AAA
BBB
CCC
DDD
EE"E
FFF
GGGGG
HHHHHHHHHHHHHHHH

以下是使用split的解决方案：

String input = "\"AAA\",\"BBB\",\"CCC\",\"DDD\",\"EE\"\"E\",\"FFF\",\"GGGGG\",\"HHHHHHHHHHHHHHHH\"";

String[] columns = input.split("(?<=\"),(?=\")");
for(String column : columns){
    System.out.println(column);
}
System.out.println("------");
for(String column : columns){
    System.out.println(column.replaceAll("(?<!\")\"", ""));
}

预期输出：

"AAA"
"BBB"
"CCC"
"DDD"
"EE""E"
"FFF"
"GGGGG"
"HHHHHHHHHHHHHHHH"
------
AAA
BBB
CCC
DDD
EE"E
FFF
GGGGG
HHHHHHHHHHHHHHHH

在这里，(?<=\"),(?=\")查找引号包围的逗号，并使用它们进行分割。
你也可以看到如何剥离外引号和引号转义。
(?<!\")\"表示任何引号，前面没有另一个引号。