我仍然不完全明白是什么原因导致了这个问题，但我偶然发现了一个答案，终于为我解决了这个问题。
https://github.com/CocoaPods/CocoaPods/issues/4203
具体来说，2015年10月12日Mikehouse的帖子是问题的解决方案。
将以下运行脚本添加到所有嵌入的扩展目标中。在我的情况下，我必须将运行脚本作为构建阶段添加到我的Today扩展和Apple Watch应用扩展中。

cd "${CONFIGURATION_BUILD_DIR}/${UNLOCALIZED_RESOURCES_FOLDER_PATH}/"
if [[ -d "Frameworks" ]]; then 
    rm -fr Frameworks
fi

“ITMS-90206”错误已在此帖子中解决：Validation Error: Invalid Bundle. The bundle at ... contains disallowed file 'Frameworks'
需要在WatchKit Extension的Build选项中将该设置从Yes更改为No：

Embedded Content Contains Swift Code: No

上面的建议对我不起作用。
Embedded Content Contains Swift Code: NO
对我没什么帮助。
我在使用动态框架时遇到了这个问题。我的动态框架包含其他动态框架，因此可以使用：
Embedded Content Contains Swift Code: YES
而不是让其他动态框架将其设置为No。
Always Embed Swift Standard Libraries: NO
在“生成阶段”下。
将此设置为YES会生成frameworks文件夹，导致上载到ITC失败。

在主目标中添加：

cd "${CODESIGNING_FOLDER_PATH}"
find ./PlugIns -type d -name Frameworks | xargs rm -rf

问题是，在同一个项目的多个目标上添加SPM包会重复依赖项。此扩展上的框架可能在主目标上，因此这应该足够了。否则，请在主目标上使用下面的完整脚本，如果需要，它将通过将框架移动到应用程序来消除重复。
不要将此添加到您的扩展目标。它会尝试删除重复的框架，但没有效果，因为它在框架复制到扩展之前运行：

# this has no effect if you add it to your extension target
cd "${CONFIGURATION_BUILD_DIR}/${UNLOCALIZED_RESOURCES_FOLDER_PATH}/"
if [[ -d "Frameworks" ]]; then 
    rm -fr Frameworks
fi

我在一个在主目标、框架和扩展中使用Rx作为SPM包的项目中遇到了这个问题。如果你有相同或类似的问题（例如Firebase），你可以在主目标中使用以下脚本来修复它：

if ! [ "${CONFIGURATION}" == "Release" ] ; then

    echo "early exit"
    exit 0
fi

cd "${CODESIGNING_FOLDER_PATH}/Frameworks/"

# copy frameworks to TeamworkProjects.app/Frameworks
for framework in *; do
    if [ -d "$framework" ]; then
        if [ -d "${framework}/Frameworks" ]; then
            echo "Moving embedded frameworks from ${framework} to ${PRODUCT_NAME}.app/Frameworks"
            cp -R "${framework}/Frameworks/" .
            rm -rf "${framework}/Frameworks"
        fi
    fi
done

# remove leftover nested frameworks
for framework in *; do
    if [ -d "$framework" ]; then
        if [ -d "${framework}/Frameworks" ]; then
            echo "Removing embedded frameworks from ${framework} to ${PRODUCT_NAME}.app/Frameworks"
            rm -rf "${framework}/Frameworks"
        fi
    fi
done

# Remove Frameworks from PlugIns
cd "${CODESIGNING_FOLDER_PATH}"
find ./PlugIns -type d -name Frameworks | xargs rm -rf

# codesign for Debugging on device
if [ "${CONFIGURATION}" == "Debug" ] & [ "${SDKROOT}" != *Simulator* ] ; then

    echo "Code signing frameworks..."
    find "${CODESIGNING_FOLDER_PATH}/Frameworks" -maxdepth 1 -name '*.framework' -print0 | while read -d $'\0' framework
    do
        # only sign frameworks without a signature
        if ! codesign -v "${framework}"; then
            codesign --force --sign "${EXPANDED_CODE_SIGN_IDENTITY}" --preserve-metadata=identifier,entitlements --timestamp=none "${framework}"
            echo "Added missing signature to '${framework}'"
        fi
    done
fi

此脚本的大部分来自www.example.com上的用户peweforums.swift.org：Swift packages in multiple targets results in duplication of library code。

我有一个框架，使用以下构建设置构建：
Always Embed Swift Standard Libraries: YES
Allow Non-Modular includes in Framework Modules: YES
因此，我将两者都改为NO并再次构建框架。
Always Embed Swift Standard Libraries: NO
Allow Non-Modular includes in Framework Modules: NO
我在我的项目中添加了新的框架构建，因此它成功上传到iTunes Connect。

我在子项目和主项目中添加了一个swift包，它是动态库。当上传到TestFlight时，我也遇到了这个问题。
如图所示，我将子项目的Embed & Sign更改为Do Not Embed，然后解决了这个问题。
它为我的主项目保留了Embed & Sign，但在子项目中，我将它们更改为Do Not Embed。

我有一个today扩展，它使用了我实现的自定义框架。
我尝试了所有的方法，但没有一个对我有效。
我只需要在today扩展中使用自定义框架，所以我只在today扩展中链接并嵌入了这个框架。
错误的意思是：
捆绑包包含不允许的框架
今天的扩展不应该嵌入任何框架，只应该链接到它。
因此，我从today扩展中删除了框架，并将其添加到父应用程序中。

注意：

父应用程序应该使用这个框架，因为它被添加到它，导入应该做的工作。

请记住，不应该嵌入和签署嵌套框架

更改嵌入和签署不嵌入将解决问题，我已经解决了它，感谢AechoLiu的回答