以下是使用terra执行此操作的三种方法

library(terra)
f <- system.file("ex/elev.tif", package="terra")
r <- rast(f)
x <- classify(r, cbind(NA, -99))
y <- subst(r, NA, -99)
z <- ifel(is.na(r), -99, r)

对于raster，最好的（内存安全的方法，也适用于大文件）是使用reclassify：

library(raster)
filename <- system.file("external/test.grd", package="raster")
r <- raster(filename)
rna <- reclassify(r, cbind(NA, 250))

我不确定从raster对象中删除NA值是否有意义，但您可以轻松地替换它。
例如：

oldpar <- par(mfrow=c(1, 2))
plot(r)
r[is.na(r)] <- 250
plot(r)
par(oldpar)

如果你真的愿意，你可以将栅格值提取到一个向量中，然后删除NA值（虽然，由于你丢失了空间信息，我看不出这有什么帮助）。

r <- raster(filename)

r <- values(r)
head(r)
[1] NA NA NA NA NA NA

head(na.omit(r))
[1] 633.686 712.545 654.162 604.442 857.256 755.506