正如mkrieger的评论所说，问题在于你在行首添加的额外间距：
这个版本非常接近你的，但工作：

from IPython.display import display_markdown

for i in range(2):
    display_markdown(f'''## heading
- ordered
- list

The table below:

| id |value|
|----|-----|
| a  | {i} |
| b  |  2  |
''', raw=True)

我只是删除了第一行之后行首的多余空格。
下面是一个使用字符串替换循环的代码版本，以完成相同的事情：

s='''## heading
- ordered
- list

The table below:

| id |value|
|----|-----|
| a  | PLACEHOLDER_FOR_VALUE |
| b  |  2  |'''

# code based on https://discourse.jupyter.org/t/jupyterlab-dictionary-content-output-format/5863/2?u=fomightez
from IPython.display import Markdown, display
def printmd(string):
    display(Markdown(string))
for i in range(2):
    printmd(s.replace("PLACEHOLDER_FOR_VALUE",f"{i}"))

我使用的是从我熟悉的字符串生成markdown的变体，参见here。
顺便说一句，如果你想用Jupyter组装报告，nbformat是你可能想研究的东西。
here顶部的介绍可能会帮助您了解nbformat如何帮助您。重要的是，notebook和单元格的抽象以及单元格的类型都已内置，您可以轻松地输出新的notebook，其中包含您以编程方式设计的内容。
更多示例代码请参见here和here。