1是一个signed int。当你把它左移31位时，你会得到一个负数INT_MIN（假设32位整数和2是合格的）。然后当你把它赋值给long int（假设64位）时，它被符号扩展为具有相同的负值。
它是C标准未定义的行为，但大多数现代计算机都有算术移位指令，并使用二进制补码编码。
你需要使用一个无符号数：

int main(void)
{
    long int a = 0x0;

    a |= (1U << 31);

    printf("a: 0x%016lx\n", a);

}

https://godbolt.org/z/G95GYffPM
或者你需要在二进制或之前将其转换为unsigned int。

int main(void)
{
    long int a = 0x0;

    a |= (unsigned int)(1 << 31);

    printf("a: 0x%016lx\n", a);

}

https://godbolt.org/z/bq3j4dWsc

来自C标准（6.5.7按位移位运算符）
3对每个操作数执行整数提升。结果的类型是提升的左操作数的类型。
因此，此语句中使用的表达式( a << 31 )的类型

a |= (1 << 31);

是有符号整数类型int。
进一步（相同的C标准部分）
4 E1〈〈E2的结果是E1左移的E2比特位置;如果E1是无符号类型，则结果的值是E1 × 2 E2，比结果类型中可表示的最大值大1。如果E1是有符号类型和非负值，并且E1 × 2 E2在结果类型中可表示，则这是结果值;否则，行为未定义。
假设一个int类型的对象包含32位，并且最高有效位是符号位，那么表达式(1 << 31 )的值在int类型的对象中是不可表示的，因此表达式调用未定义的行为。
您至少需要使用无符号整数类型unsigned int，例如

a |= (1u << 31);

无符号long int

a |= (1lu << 31);

请注意，结果取决于类型long int的大小。它可以等于4作为类型int的大小，也可以等于8作为类型long long int的大小。
而不是在调用printf的格式字符串中手动写入0x

printf("a: 0x%lx\n", a);

您可以使用标记#，如

printf("a: %0#16lx\n", a);

变更

a |= (1 << 31);

到

a |= (1UL << 31);

1是一个int常数，它等于signed int。