免责声明：把这当作一个练习。如果你打算在真实的世界的开发中做类似的事情-请不要这样做。使用HTML解析器代替。
因为你基本上需要两个不同的变化：将好的<pre>转换为<p>并删除坏的<pre>让我们分两步来做：

string input = "<pre>one</pre><p><b>two</b></p>\n<pre>DO    NOT    MATCH</pre><pre>BALLS</pre>";

Regex regex_replace = new Regex(@"<pre>((?:(?<!\s{3})(?!</?pre>)[^\n])+?)</pre>");
Regex regex_delete = new Regex(@"<pre>[^\n]*?</pre>");

string result = regex_delete.Replace(regex_replace.Replace(input, "<p>$1</p>\n"), "");
Console.WriteLine(result);

输出：

<p>one</p>
<p><b>two</b></p>
<p>BALLS</p>

在这里，regex_replace用于将良好的<pre>替换为<p>。它匹配不包含其他pre或三个后续空白符号的<pre>。
regex_delete删除所有其他pre。

如果你完全控制HTML输入，你可以使用这个正则表达式：

<pre>((?:[^<\s]\s?)*)</pre>

(?:[^<\s]\s?)*代表“一个非空字符序列，除了<，后面最多有一个空格，整个过程重复0次或多次”。
然后将该序列捕获到组$1（Demo）中。
正如其他人所说，不要使用正则表达式来解析常规HTML内容，或者任何不属于常规语言的东西。