我试图从不同的图像创建一个3D体积（尺寸为4000 x 4000 x 1600）。我有一个for循环，在这里我首先创建一个std：：vector，然后使用ImportImageFilter创建一个尺寸为4000 x 4000 x 1的图像。之后我使用PasteImageFilter将创建的图像插入到体积中。所以每个图像就像大体积中的一个层。
下面的代码可以工作，但使用PasteImageFilter导入图像需要20-25秒。
有什么我可以做的，让它运行得更快？
重要的是，我不能有多个卷副本在同一时间，因为我会用完内存。
sitk::PixelIDValueEnum pixelTypeM1 = sitk::sitkUInt8;
sitk::PixelIDValueEnum pixelTypeM2 = sitk::sitkFloat32;
std::vector<unsigned int> sitkVolumeSize{4000,4000,1600};
sitk::Image sitk_m1_volume( sitkVolumeSize, pixelTypeM1 );
sitk::Image sitk_m2_volume( sitkVolumeSize, pixelTypeM2 );
sitk::PasteImageFilter pasteFilter;
for(int idx = 0; idx < 1600; idx++){
std::vector<measurement> s1, s2;
std::tie (s1, s2) = load_data();
std::vector<float> m1_vec(4000*4000);
std::vector<uint8_t> m2_vec(4000*4000);
//some computations here to fill the m1_vec and m2_vec
std::vector<unsigned int> imageDims{4000, 4000, 1};
sitk::ImportImageFilter importer;
importer.SetSize( imageDims );
importer.SetBufferAsUInt8(m1_vec.data());
sitk::Image m1_image = importer.Execute();
importer.SetBufferAsFloat( m2_vec.data() );
sitk::Image m2_image = importer.Execute();
pasteFilter.SetDestinationIndex({0,0,idx});
pasteFilter.SetSourceSize(m2_image.GetSize());
sitk_m2_volume = pasteFilter.Execute(sitk_m2_volume, m2_image);
sitk_m1_volume = pasteFilter.Execute(sitk_m1_volume, m1_image);
}
1条答案
按热度按时间gopyfrb31#
请确保您是在Release模式下编译，而不是调试，这是在C++中使用ITK和SimpleITK时性能低下的最常见原因。
通过执行上述调用，它将创建sitk_m{2，1}_volumes的副本。对于大型图像，这可能会很昂贵。sitk：：PasteImageFilter还支持使用第一个参数移动symatics：
如果你不熟悉C++ move语义和右值引用，请找一个好的现代C++参考来学习。这个签名可以这样使用：
通过此调用，图像缓冲区将从输入参数移动到输出，并且不会复制整个缓冲区，从而提高性能。