我正在使用一个调用R脚本的snakemake,但我得到了这个错误:
Error in isOpen(file, "w") : invalid connection
Calls: write.table -> isOpen
Execution halted
我在snakemake的规则是:
rule prepare_files:
input:
x = "path_to_x/quant.sf",
y = "path_to_Y/quant.sf"
output:
"out//Bigquantif.txt"
script:
"R/manips.R"
在manips.R我有:
out_file_path <- snakemake@output
x_path <-snakemake@input$x
y_path <-snakemake@input$y
x_fi <- read.table(x_path, head=T, sep="\t", row.names=1)
y_fi <- read.table(y_path, head=T, sep="\t", row.names=1)
merged_data_final <- merge(x_fi, y_fi, by = "gene_id")
write.table(x = merged_data_final, file = out_file_path, sep="\t")
我尝试用write.csv和csv 2,但总是同样的错误!!
如果有人能帮忙,我将不胜感激
我以为这是一个问题的访问权限的剧目,我改变了它的chmod +x,但这并没有解决它
1条答案
按热度按时间bqucvtff1#
我的问题是我返回了一个值的向量而不是一个字符串。我改变了:
致:
现在它起作用了。希望这会有帮助