折点名称在iGraph图中的位置

enxuqcxy 于 2023-04-18 发布在其他

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我的普遍问题是，在使用iGraph生成图形时，我丢失了顶点名称/标签（不确定这里用词是否正确）。
我有一个二分网络的边列表IC_edge_sub，看起来像下面这样：

new_individualID new_companyID
1             <NA>     10024354c
3        10069415i      2020225c
4        10069415i     16020347c
5        10069272i      2020225c
6        10069272i     16020347c
7        10069274i      2020225c

然后创建一个图形元素：

IC_projected_graphs <- bipartite.projection(IC_twomode, types = 
                         is.bipartite(IC_twomode)$type)

然后将其折叠以仅标识companyID之间的连接

IC_projected_graphs <- bipartite.projection(IC_twomode, types =   
                         is.bipartite(IC_twomode)$type)

然后得到邻接矩阵：

CC_matrix_IC_based <- get.adjacency(CC_graph_IC_based); CC_matrix_IC_based

在iGraph中，节点编号从零开始，因此矩阵命名也从零开始。然而，我现在需要在最终的CC_matrix_IC_based矩阵中的edgelist的第2列中指定的“new_companyID”。
你能帮助我如何使用原始边列表中的信息在最终邻接矩阵中放入行名和列名吗？
我在谷歌上搜索了一下栈流，但是没有找到一个有效的答案。非常感谢你的帮助

来源：https://stackoverflow.com/questions/10943181/where-are-the-vertex-names-in-an-igraph-graph

3条答案

按热度按时间

kqlmhetl1#

顶点名称通常存储在igraph中名为name的顶点属性中。因此，如果您的图存储在变量g中，则可以使用V(g)$name检索所有顶点的名称。

赞(0）回复(0）举报 2023-04-18

vddsk6oq2#

关键问题是我在生成图表时没有保存名称。之后我需要确保不丢失数据。以下是总体解决方案：

# Subsetting / triangulating data for selected games
GC_edge_sub <- subset (GC_edge, mb_titleID %in% loggames_yearly_sample$mb_titleID)
GC_edge_sub <- subset(GC_edge_sub, select = c("new_titleID", "new_companyID"))
head(GC_edge_sub)

# Generating the vertex names
vertex_new_companyID <- data.frame(names = unique(GC_edge_sub$new_companyID))
vertex_new_titleID <- data.frame(names = unique(GC_edge_sub$new_titleID))
vertex <- rbind(vertex_new_companyID, vertex_new_titleID)

# Creation of GC_twomode
GC_twomode <- graph.data.frame(GC_edge_sub, vertices = vertex)
GC_projected_graphs <- bipartite.projection(GC_twomode, 
                                            types = is.bipartite(GC_twomode)$type)
GC_matrix_GC_based <- get.adjacency(GC_twomode)
dim(GC_matrix_GC_based)

# Collapsing the matrix
# Be aware that if you use the classical command 
# `CC_graph_GC_based <- GC_projected_graphs$proj2` 
# it collapses, but looses the colnames and rownames
# I thus: a) create a subset of the adjacency matrix; and
#         b) create the lookef for matrix by multiplication
rowtokeep <- match(vertex_new_companyID$names, colnames(GC_matrix_GC_based))
coltokeep <- match(vertex_new_titleID$names, rownames(GC_matrix_GC_based))
GC_matrix_GC_based_redux <- GC_matrix_GC_based[rowtokeep, coltokeep]
# We now have a CG matrix.Let's build from this a GG matrix.
CC <- GC_matrix_GC_based_redux %*% t(GC_matrix_GC_based_redux)

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ocebsuys3#

顶点名称存储在 label 属性中。
如果 g 是图，则顶点名称可以由V(g)$label访问

赞(0）回复(0）举报 2023-04-18