我有一个名为dataTypeA.txt的制表符分隔的文件。它看起来像这样：
Probe_ID GSM24652 GSM24653 GSM24654 GSM24655 GSM24656 GSM24657
1007_s_at 1149.82818866431 1156.14191288693 743.515922643437 1219.55564561635 1291.68030259557 1110.83793199643
1053_at 253.507372571459 150.907554200493 181.107054946649 99.0610660103702 147.953428467212 178.841519788697
117_at 157.176825094869 147.807257232552 162.11169957066 248.732378039521 176.808414979907 112.885784025819
121_at 1629.87514240262 1458.34809770171 1397.36209234134 1601.83045996129 1777.53949459116 1256.89054921471
1255_g_at 91.9622298972477 29.644137111864 61.3949774595639 41.2554576367652 78.4403716513328 66.5624213750532
1294_at 313.633291641829 305.907304474766 218.567756319376 335.301256439494 337.349552407502 316.760658896597
1316_at 195.799277107983 163.176402437481 111.887056644528 194.008323756222 211.992656497053 135.013920706472
1320_at 34.5168433158599 19.7928225262233 21.7147425051394 25.3213322300348 22.4410631949167 29.6960283168278
1405_i_at 74.938724593443 24.1084307838881 24.8088845994911 113.28326338746 74.6406975005947 70.016519414531
1431_at 88.5010900723741 21.0652011409692 84.8954961447585 110.017339630928 84.1264201735067 49.8556999547353
1438_at 26.0276274326623 45.5977459152141 31.8633816890024 38.568939176828 43.7048363737468 28.5759163094148
1487_at 1936.80799770498 2049.19167519573 1902.85054762899 2079.84030768241 2088.91036902825 1879.84684705068
1494_f_at 358.11266607978 271.309665853292 340.738488775022 477.953251687206 388.441738062896 329.43505750512
1598_g_at 2908.90515715761 4319.04621682741 2405.62061966298 3450.85255814957 2573.97860992156 2791.38660060659
160020_at 416.089910909237 327.353902186303 385.030831004533 385.199279534446 256.512900212781 217.754025190117
1729_at 43.1079499314469 114.654670657195 133.191500889286 86.4106614983387 122.099426341898 218.536976034472
177_at 75.9653827137444 27.4348937420347 16.5837374743166 50.6758325717831 58.7568500760629 18.8061888366161
1773_at 31.1717741953018 158.225161489953 161.976679771553 139.173486349393 218.572194156366 103.916119454
179_at 1613.72113870554 1563.35465407698 1725.1817757679 1694.82209331327 1535.8108561345 1650.09670894426假设我有一个变量col="GSM24655"，我想从dataTypeA.txt中提取对应于这个列名的列。
另外，我想把它放在一个函数中，我可以给予它一个文件（即dataTypeA.txt）和一个列（即GSM24655），它会返回该列。我不是很精通Bash，所以我一直有一些麻烦。我很感激帮助。
3条答案
按热度按时间twh00eeo1#
下面使用
awk的脚本可用于实现该目标。工作：最初，
col的值使用-v column_val="$col"传递到awk脚本。然后找出列号。（当NR==1，即第一行时，它迭代所有字段（for(i=1;i<=NF;i++)，awk变量NF包含列数），然后比较column_val的值（if ($i == column_val)），当找到匹配时，找到并存储相应的列号（val=i））。之后，从下一行开始，打印该列中的值（print $val）。如果将下面的代码复制到一个名为
find_column.sh的文件中，你可以调用sh find_column.sh GSM24655 dataTypeA.txt来显示具有第一个参数值的列（GSM24655）在名为第二个参数的文件中（dataTypeA.txt）。$1和$2是位置参数。column=$1和file=$2行将输入值分配给变量。0g0grzrc2#
我会使用以下方法，它快速而简单。
在您的脚本中，您将获得文件名，假设为$1，word为$2。
然后，在我的for each中，我使用了整个标题，但你可以只添加一个
head -1 $1，在IF中，$2，这将输出列名。在此之后，您只需执行
cat $1| cut -d$'\t' -f$colkx5bkwkv3#
这也适用于按指定顺序打印多列：
tcut(){ awk -F\\t 'NR==FNR{a[NR]=$0;next}FNR==1{for(i=1;i<=NF;i++)b[$i]=i}{for(i in a)printf"%s"(i==length(a)?RS:FS),$(b[a[i]])}' <(printf %s\\n "$@") -;};tcut GSM24655 Probe_ID<input.tsv或者另一个选项是
csvtk -t cut -fGSM24655,Probe_ID input.tsv。-t标志使用tab作为字段分隔符，但它不会禁用双引号的CSV样式处理。-l标志（--lazy-quotes）允许将未转义的双引号作为数据的一部分，但它仍然在包含双引号的字段周围打印双引号对，比如aa"aa被改为""aa"aa""。-l也不会禁用删除CSV中不需要引号的字段周围的双引号，比如"bb"被改为bb。