git 2.9.X/2.10（Q3 2016）将chmod引入git add本身！
参见commit 4e55ed3（2016年5月31日）Edward Thomson ( ethomson )。
求助人：Johannes Schindelin ( dscho )。
（由Junio C Hamano -- gitster --合并于commit c8b080a，2016年7月6日）

add：添加--chmod=+x/--chmod=-x选项

对于core.filemode设置为false的存储库中的路径，可执行位将不会被检测到（因此不会被设置），尽管用户可能仍然希望将文件添加为可执行文件，以便与其他 * 有 * core.filemode功能的用户兼容。
例如，添加shell脚本的Windows用户可能希望将它们添加为可执行文件，以便与非Windows用户兼容。
虽然这可以通过plumbing命令（git update-index --add --chmod=+x foo）完成，但教授git-add命令允许用户使用他们已经熟悉的命令设置文件可执行文件。
你可以在“How to create file execute mode permissions in Git on Windows?”（2011年2月）中看到这个新特性的起源。

有几种方法可以做到这一点。

1. Git别名
2. Bash别名
   1.或者甚至将bash和git别名结合起来

*Git别名

你可以在你的git别名中使用bash。

• 打开你的git配置：

vim ~/.gitconfig

• 向其添加别名节（如果不存在别名节）：

[alias]
    addscr = !sh -c 'if [[ ${0: -3} == ".sh" ]]; then git update-index --chmod=+x $0; git add $0'

*Bash别名

• 编辑您的bash配置文件：

vim ~/.bashrc

• 在文件末尾添加以下内容：

function gitadd(){
    if [[ ${1: -3} == ".sh" ]]
        then git update-index --chmod=+x $1
    fi
    git add $1
 }
 alias gitadd='gitadd'

*合并git和bash别名

• 编辑您的bash配置文件：

vim ~/.bashrc

• 在文件末尾添加以下内容：

function checkShellFile(){
    return ${1: -3} == ".sh"
}
alias gitadd='checkShellFile ? git addsrcipt "$1" : && git add "$1"'

• 编辑你的git配置文件：

vim ~/.gitconfig

• 向其添加别名节（如果不存在别名节）：

[alias]
    addscript = !sh -c 'git update-index --chmod=+x $0 && git add $0'

以上均未测试

下面是一个自动将git update-index --chmod+x应用于可执行文件的脚本：

for f in $(find . -name '*.sh' -o -regex './s?bin/[^/]+' -o -regex './usr/sbin/[^/]+' -o -regex './usr/lib/[^/]+'); do
     (cd "$(dirname $f)" && git update-index --chmod=+x "$(basename $f)")
done

不需要花哨的bash脚本：

1.在您的.git/config文件中设置fileMode = true（或者像其他人指出的那样运行git config core.filemode true）
1.更改文件权限上的可执行位并提交此更改。（如您所指出的chmod u+x $script）。您只需执行一次。
1.推到遥控器
下一次你从那里拉取的时候，git会在文件上设置提交的可执行位。我也有类似的问题，这个解决了他们。
fileMode = true告诉git跟踪它唯一可以跟踪的权限：可执行位。这意味着对可执行位的更改将被git识别为工作树中的更改，并且这些更改将在下次提交时存储在repo中。
一旦你提交了你想要的可执行文件，你也可以将fileMode重置为false，这样下次当你不想提交它们时，git就不会用这样的更改来打扰你了。

我不认为这可以在git add命令上完成，但是你可以在运行git commit命令之后，但在提交实际创建之前，运行一个脚本。
看看pre-commit钩子。
http://git-scm.com/book/en/Customizing-Git-Git-Hooks
基本上，只需在.git/hooks/文件夹中创建一个名为pre-commit的文件（hooks文件夹中应该已经有示例，重命名它们以删除结尾的“.sample”以激活一个）。
这里有一个问题，确保你的脚本首先运行git stash -q，这样你才能处理文件的实际暂存版本。

我刚刚添加了通过' Tortoise Git文件夹更新。右键单击所有文件并将执行权限复选框更新为true并提交/推送消息。Git命令行添加/提交也应该可以工作。

如果你在windows/powershell上，只需相应地更改路径和过滤器：

Get-ChildItem -Path . -Filter '*.py' -Recurse | Select-Object { git -update-index --chmod=+x $_.Name }