自从我发布这个问题已经有几天了，我已经想出了我认为在Java 1.9及以上版本中正确的方法。对于Java〈= 1.8及以下版本，我仍然没有答案，欢迎提出建议。
首先，项目本身应该在一个命名的包中，这是一个约定。根据约定，这看起来像是一个反向的URL，从最不具体的东西开始，向下钻取到最具体的项目名称。例如：

edu.myuni.mycourse.myname.my_proj2000

或用于商业组织。

com.mycompany.myproj2000

如果您创建了这样一个包名，您将在项目目录中看到的是一个文件夹层次结构，如下所示。这是IDE将生成的内容，但如果您手动执行此操作（没有IDE），则必须自己创建。

src/com/mycompany/myproj200/

然后你的项目包然后将在myproj 2000目录中创建，如下所示。如果我们采用一个Java类，如Theta，则它将是. com.mycompany.myproj2000/alpha/Theta.java。这就是所谓的完全限定名。这样做的好处是可以在大型项目中唯一地标识您的类，因为不同包中的类可能具有相同的名称。
因此，目录结构如下，每个包获得一个package-info.java用于文档目的，整个项目获得module-info.java以下是项目的结构，下面是package-info.java和module-info.java的示例。

src:
======================
com.mycompany.myproj2000:
  module-info.java

  com.mycompany.myproj2000.alpha
    package-info.Java
    Theta.Java
    Omega.Java

  com.mycompany.myproj2000.beta
    package-info.Java
    Gamma.java
    Epsilon.Java

  com.mycompany.myproj2000.delta
    package-info.java
    Kappa.java
    Iota.java

然后在这个项目中，package-info看起来如下所示，其中文档位于包文档之上。

/**
*My documentation for my lovely alpha package, blah blah blah. It does blah blah.
* @Author Joe Bloggs
* @Version 1.02 Spring 2023
**/
package com.mucompany.myproj2000.apha;

module-info.java看起来很相似。

/**
* This project does blah blah blah it was created for blah blah so that blah blah
* @Author Joe Bloggs
* @Version 1.02 Spring 2023
**/
module com.mycompany.myproj2000{
}

我怀疑在Java 1.9之前，当模块被引入时，最外面的包com.mycompany.myproj2000也会得到package-info.java，如果有人能证实我想知道的话。