PhCharm使用输出控制台显示正在运行的模块的输出。为了使os.system()下的终端命令正常工作，您需要在输出控制台中模拟您的终端。
1.从“运行”菜单中选择“编辑配置”。
1.在“执行”部分下，选择“在输出控制台中模拟终端”
JetBrains Sergey Karpov补充道：
我们的运行窗口不支持在终端中可以做的一些事情。其中之一是清除输出。
当尝试清除“非终端”输出窗口中的输出时，PyCharm甚至显示TERM环境变量未设置。
手动设置该变量在某些情况下可能会有所帮助，但仍然缺少其他特定于终端的内容，这就是为什么我们在Run窗口中有一个模拟终端的选项。

这段代码运行得很好。我认为你运行它的方式有问题。你应该用命令提示符运行它。
如果仍然不起作用。

os.system('cls')  # on windows
os.system('clear')  # on linux / Mac

你可以在这里测试你的代码https://www.python.org/shell/

下面是一个例子：

import time
import os

while True:
    os.system('cls')
    age = int(input('how old are you?'))
    if age >= 18:
        print('you are at the legal age in America to vote!')
    else:
        print('you cannot vote!')
    time.sleep(3)