这是我用Pixels做的解决方案。
附加源代码，以便可以尝试确切的并获得结果。
我有128 x128（宽x高）的样本图像。

using System;
using System.Collections.Generic;
using System.Linq;
using System.Text;
using System.Drawing;
using System.IO;
//using System.Globalization;

namespace colorchange
{
   class Program
   {
      static void Main(string[] args)
      {
          try
          {
              Bitmap bmp = null;
              //The Source Directory in debug\bin\Big\
              string[] files = Directory.GetFiles("Big\\");
              foreach (string filename in files)
              {
                 bmp = (Bitmap)Image.FromFile(filename);                    
                 bmp = ChangeColor(bmp);
                 string[] spliter = filename.Split('\\');
                 //Destination Directory debug\bin\BigGreen\
                 bmp.Save("BigGreen\\" + spliter[1]);
              }                                                 
           }
           catch (System.Exception ex)
           {
              Console.WriteLine(ex.ToString());
           }            
       }        
       public static Bitmap ChangeColor(Bitmap scrBitmap)
       {
          //You can change your new color here. Red,Green,LawnGreen any..
          Color newColor = Color.Red;
          Color actualColor;            
          //make an empty bitmap the same size as scrBitmap
          Bitmap newBitmap = new Bitmap(scrBitmap.Width, scrBitmap.Height);
          for (int i = 0; i < scrBitmap.Width; i++)
          {
             for (int j = 0; j < scrBitmap.Height; j++)
             {
                //get the pixel from the scrBitmap image
                actualColor = scrBitmap.GetPixel(i, j);
                // > 150 because.. Images edges can be of low pixel colr. if we set all pixel color to new then there will be no smoothness left.
                if (actualColor.A > 150)
                    newBitmap.SetPixel(i, j, newColor);
                else
                    newBitmap.SetPixel(i, j, actualColor);
             }
          }            
          return newBitmap;
       }
   }
}

//下面是示例图像和应用不同颜色x1c 0d1x的不同结果

在我们讨论perfromance之前，让我们检查一下你的代码：

var originalColor = scrBitmap.GetPixel(i, j);
if (originalColor = Color.Black)
    newBitmap.SetPixel(i, j, Color.Red);

这里有两个错误：
1.您不与Color.Black进行比较，而是将**Color.Black分配给originalColor。
1.你不处理透明度。
要检查透明度，您不应该比较Color对象，而是R，G，B值，让我们更改为：

var originalColor = scrBitmap.GetPixel(i, j);
if (originalColor.R == 0 && originalColor.G == 0 && originalColor.B == 0)
    newBitmap.SetPixel(i, j, Color.FromArgb(originalColor.A, Color.Red));

现在你会看到它可以工作，但处理每个图像需要很长时间：GetPixel和SetPixel非常慢（主要是因为它们检查和计算每个调用的所有内容）。直接处理位图数据要好得多。如果你提前知道图像格式（并且每个图像都是固定的），那么你可以用更多的代码来做得更快：

static unsafe Bitmap ReplaceColor(Bitmap source,
                                  Color toReplace,
                                  Color replacement)
{
  const int pixelSize = 4; // 32 bits per pixel

  Bitmap target = new Bitmap(
    source.Width,
    source.Height,
    PixelFormat.Format32bppArgb);

  BitmapData sourceData = null, targetData = null;

  try
  {
    sourceData = source.LockBits(
      new Rectangle(0, 0, source.Width, source.Height),
      ImageLockMode.ReadOnly, PixelFormat.Format32bppArgb);

    targetData = target.LockBits(
      new Rectangle(0, 0, target.Width, target.Height),
      ImageLockMode.WriteOnly, PixelFormat.Format32bppArgb);

    for (int y = 0; y < source.Height; ++y)
    {
      byte* sourceRow = (byte*)sourceData.Scan0 + (y * sourceData.Stride);
      byte* targetRow = (byte*)targetData.Scan0 + (y * targetData.Stride);

      for (int x = 0; x < source.Width; ++x)
      {
        byte b = sourceRow[x * pixelSize + 0];
        byte g = sourceRow[x * pixelSize + 1];
        byte r = sourceRow[x * pixelSize + 2];
        byte a = sourceRow[x * pixelSize + 3];

        if (toReplace.R == r && toReplace.G == g && toReplace.B == b)
        {
          r = replacement.R;
          g = replacement.G;
          b = replacement.B;
        }

        targetRow[x * pixelSize + 0] = b;
        targetRow[x * pixelSize + 1] = g;
        targetRow[x * pixelSize + 2] = r;
        targetRow[x * pixelSize + 3] = a;
      }
    }
  }
  finally
  {
    if (sourceData != null)
      source.UnlockBits(sourceData);

    if (targetData != null)
      target.UnlockBits(targetData);
  }

  return target;
}

当然，这可以是further optimized，您可能需要处理不同的格式（see this list of pixel formats和this article关于其布局），但请将其视为使用位图的起点。
为了完整起见，这是没有直接访问位图数据的等价颜色。请注意，这应该很少使用，因为它非常慢。

static Bitmap ReplaceColor(Bitmap source,
                           Color toReplace,
                           Color replacement)
{
    var target = new Bitmap(source.Width, source.Height);

    for (int x = 0; x < source.Width; ++x)
    {
        for (int y = 0; y < source.Height; ++y)
        {
            var color = source.GetPixel(x, y);
            target.SetPixel(x, y, color == toReplace ? replacement : color);
        }
    }

    return target;
}

另外请注意，这是考虑Alpha通道的比较（例如，50%透明绿色与30%透明绿色的颜色不同）。要忽略Alpha，您可以使用以下内容：

if (color.R == toReplace.R && color.G == toReplace.G && color.B == toReplace.B)

最后，如果你知道要替换的像素很少，你可以创建一个原始图像的原始副本（使用Graphics.FromImage创建一个上下文并绘制到source位图中），这样你只会在有替换时调用SetPixel()。在我看来，这里的任何优化都是无用的：如果您需要使用第一个解决方案的性能...

我会给予你另一个解决方案，因为这并不计算每一个像素。
它的短而简单。转换时间为62毫秒：

public Bitmap Color(Bitmap original)
        {
            //create a blank bitmap the same size as original
            Bitmap newBitmap = new Bitmap(original.Width, original.Height);

            //get a graphics object from the new Image
            Graphics g = Graphics.FromImage(newBitmap);

            //create the color you want ColorMatrix
            //now is set to red, but with different values 
            //you can get anything you want.
            ColorMatrix colorMatrix = new ColorMatrix(
                new float[][]
                {

                    new float[] {1f, .0f, .0f, 0, 0},
                    new float[] {1f, .0f, .0f, 0, 0},
                    new float[] {1f, .0f, .0f, 0, 0},
                    new float[] {0, 0, 0, 1, 0},
                    new float[] {0, 0, 0, 0, 1}
                });

            //create some image attributes
            ImageAttributes attributes = new ImageAttributes();

            //set the color matrix attribute
            attributes.SetColorMatrix(colorMatrix);

            //draw original image on the new image using the color matrix
            g.DrawImage(original, new Rectangle(0, 0, original.Width, original.Height),
                0, 0, original.Width, original.Height, GraphicsUnit.Pixel, attributes);

            //release sources used
            g.Dispose();
            return newBitmap;
        }