.NET Reactor只能保护.NET程序集（.exe、.dll），而不能保护其他文件，如setup.msi或setup.exe。
根据VS项目的类型（特别是部署/设置项目），通过后期构建事件保护程序集可能为时已晚。
如果您想在安装程序中包含VS项目文件输出（exe/dll），您可以通过以下方式使用.NET Reactor Visual Studio加载项：

• 打开.NET Reactor并安装Visual Studio Add-in（.NET Reactor主菜单项Help/Visual Studio -〉Install Visual Studio 20 xx Add-In）。
• 打开Visual Studio项目并打开外接程序（Visual Studio主菜单项工具-〉.NET Reactor）。
• 勾选“已启用”
• 选中“项目输出是部署项目的一部分（安装程序，ClickOnce）”
• 您可以通过定义. NETReactor项目文件或通过命令行开关来定义保护设置
• 如果是ClickOnce项目，请添加'-invalid_metadata'作为命令行参数（以防止部署问题）
• 单击OK并允许. NETReactor修改VisualStudio项目文件

通过这种方式，Visual Studio项目文件被修改为在正确的时间访问.NET Reactor（在编译程序集之后，但仍在将其添加到安装包之前）。

Visual Studio通常会在进行安装时重新生成整个项目。因此，受保护的exe（您生成的.NET Reactor）将被Visual Studio覆盖。
您应该添加一个 *Post-build事件 *（可以在Visual studio项目属性中找到），该事件在生成DLL后直接调用.NET reactor来保护DLL。
请注意，事件应该只在发布构建时运行，否则您将无法调试应用程序。问题是您不能仅为发布模式添加构建后事件。解决方案是执行如下检查：How to run Visual Studio post-build events for debug build only