视觉对齐是供人使用的，不要以这种格式保存文件，而是当你需要查看文件时，使用column为你格式化。
首先需要摆脱额外的标签在您的第一个文件和合并的文件

$ cat <(tr -s '\t' <file1) file2 > file12

它将通过分隔符（制表符）对齐列。现在你可以在任何时候使用column -ts$'\t' file12来查看文件，它将为你对齐列。
这假定您没有丢失的字段。

我问这个问题是希望有一个现有的工具或一个简单的awk/perl一行程序可以做我想要的。看起来没有，所以我用Go写了一个简单的工具来处理我的输入。它没有处理很多好的tsv解析器应该做的事情（比如转义），但也许它对其他人来说仍然有用：

package main

import (
    "bufio"
    "fmt"
    "math"
    "os"
    "strings"
)

const tabWidth = 8

func tsvAlign(filenames []string) (err error) {
    var lines [][]string
    for _, filename := range filenames {
        file, err := os.Open(filename)
        if err != nil {
            return err
        }
        defer file.Close()

        scanner := bufio.NewScanner(file)
        for scanner.Scan() {
            lines = append(lines, strings.FieldsFunc(scanner.Text(), func(c rune) bool { return c == '\t' }))
        }
    }

    maxFieldWidths := make([]int, len(lines[0])-1, len(lines[0])-1)
    for i := 0; i < len(lines[0])-1; i++ {
        for _, line := range lines {
            if len(line[i]) > maxFieldWidths[i] {
                maxFieldWidths[i] = len(line[i])
            }
        }
    }

    for _, line := range lines {
        for i, field := range line[:len(line)-1] {
            padding := int(math.Ceil(float64(maxFieldWidths[i]+tabWidth-maxFieldWidths[i]%tabWidth)/8 - float64(len(field))/8))
            fmt.Print(field, strings.Repeat("\t", padding))
        }
        fmt.Println(line[len(line)-1])
    }

    return err
}

func main() {
    if len(os.Args) < 2 {
        fmt.Fprintln(os.Stderr, "ERROR: No arguments provided")
        return
    }
    err := tsvAlign(os.Args[1:])
    if err != nil {
        fmt.Fprintln(os.Stderr, "ERROR: ", err)
    }
}

完全同意karakfa's answer的观点，如果你在数据文件中使用 single 制表符作为分隔符，让其他一些专门的工具（如column -t *）在事后为你做视觉对齐，你会让事情变得更容易。这是Makefile或Git预提交钩子的一个 * 伟大 * 用例。
既然你已经把这个问题标记为awk，我仍然觉得它应该得到一个基于AWK的答案，以满足你最初的要求。但是，与karakfa的一行程序相比，所有需要适应不寻常的输入文件格式的代码都应该告诉你一些事情。;)
作为将来的参考，要知道AWK中的-F或FS实际上是一个正则表达式，因此您的分隔符不必是单个字符。直到我真正开始仔细阅读手册，我才注意到这一点。它的默认值类似于[ \t]+-即一个或多个连续的空格字符。
假设原始输入看起来像这样

echo -e "AA\t\tBBBBBBBB\tCCC
AAAAAAAA\tBBB\t\tCCC
AA\t\tBBBB\t\tCC
AA AA AA AA AA\tBBBB BBBB\tCC" > file1

echo -e "DD\tEE\tFF
DDDD\tEE\tFFFF
DD\tEEEE\tFF" > file2

。。。这 * 几乎 * 工作

cat > format.awk <<EOF
BEGIN {
    TABWIDTH = TABWIDTH ? TABWIDTH : 8
    FS = "\t+"
    OFS = "\t"
}
function ceil(x) {
    return (x == int(x)) ? x : int(x) + 1
}
{
    for (i=1; i<=NF; i++) {
        # store off values for later
        data[NR,i] = \$i
        if (length(\$i) > maxw[i])
            maxw[i] = length(\$i)
    }
}
END {
    for (i=1; i<=NR; i++) {
        for (j=1; j<NF; j++) {
            printf data[i,j]
            # at least 1, plus 1 for every multiple of TABWIDTH less than max
            needtabs = ceil((maxw[j] - length(data[i,j])) / TABWIDTH) + 1
            for (k=1; k<=needtabs; k++)
                printf OFS
        }
        printf "%s\n", data[i,NF]
    }
}
EOF

awk -v TABWIDTH=8 -f format.awk file1 file2

还在研究一些问题，我会相应地更新答案。
请注意，上面所有的$都被转义了，所以示例将在复制粘贴时运行。如果您只是将AWK代码复制粘贴到自己的脚本中，请手动修复这些代码。

• 关于column的脚注：它看起来确实有一个line length limitation，如果你正在处理巨大的数据文件，你应该注意到这一点。我有一种感觉，这里不是这种情况。如果是这种情况，请查看mlr --tsv --opprint1或xsv table -d2作为人类可读表示的替代方案。