numpy 3D堆叠的2D直方图

5lwkijsr  于 2023-04-30  发布在  其他
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我有一堆2D直方图(正方形2D numpy数组),我想以3D方式堆叠,如下所示:

(图片来自:阿尔弗雷多·卡德纳斯等人,“N-乙酰基-L-色氨酸酰胺通过膜的无辅助转运:动力学实验和模拟。物理化学学报B 116.9(2012):2739-2750。)
有没有人有什么好主意如何做到这一点?我已经尝试了Python plot - stacked image slices的contourf方法,但结果不是最佳的。

sbtkgmzw

sbtkgmzw1#

我建议您使用Axes3D.plot_surface绘制平面,并使用facecolor参数为它们着色,如下所示:

import numpy;
from matplotlib import pyplot;
from matplotlib import cm;
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D;
pyplot.interactive(True);

# Creat mesh.
X = numpy.arange(-1, 1, 0.1);
Y = numpy.arange(-1, 1, 0.1);
X, Y = numpy.meshgrid(X, Y);

# Create some data to plot.
A = numpy.copy(X);
B = numpy.copy(Y);
C = numpy.sqrt(X**2 + Y**2);
D = numpy.cos(C);
# Normalize data for colormap use.
A -= numpy.min(A); A /= numpy.max(A);
B -= numpy.min(B); B /= numpy.max(B);
C -= numpy.min(C); C /= numpy.max(C);
D -= numpy.min(D); D /= numpy.max(D);

# Create flat surface.
Z = numpy.zeros_like(X);

# Plot
fig = pyplot.figure();
ax = fig.gca(projection='3d');
ax.plot_surface(X, Y, Z, rstride=1, cstride=1, facecolors = cm.coolwarm(A));
ax.plot_surface(X, Y, Z+0.1, rstride=1, cstride=1, facecolors = cm.coolwarm(B));
ax.plot_surface(X, Y, Z+0.2, rstride=1, cstride=1, facecolors = cm.coolwarm(C));
ax.plot_surface(X, Y, Z+0.3, rstride=1, cstride=1, facecolors = cm.coolwarm(D));

cetgtptt

cetgtptt2#

为了补充@Bence的答案,可以使用here中的代码片段添加额外的垂直颜色条。具体来说,我使用了下面的代码,其中'xxx'是我的数据集,Bence图中显示的每个层都是dstack'd numpy数组中的一个单独的z层。:

m = cm.ScalarMappable(cmap=cm.jet)
m.set_array(xxx)
pyplot.colorbar(m)
pyplot.show()

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