简单地说：

#!/bin/bash

path1="/work/bk1088/b382227/pidata/monpctl75"
path2="/work/bk1088/b382227/pidata/monpctl25"

for i in "$path1"/*.nc; do
    for v in "$path2"/*.nc; do    
        cdo -a sub "$i" "$v" "/work/bk1088/b382227/pidata/IQR-75sub25/${i}_iqr.nc"
    done
done

我假设您希望将path 1中的一个文件与path 2中的相应文件进行匹配（而不是所有path 1文件和path 2文件的叉积）。

#!/bin/bash

pidata=/work/bk1088/b382227/pidata
files1=( "$pidata"/monpctl75/*.nc )
files2=( "$pidata"/monpctl25/*.nc )

for idx in "${!files1[@]}"; do
    i=${files1[idx]}
    v=${files2[idx]}

    # strip the path and the extension from $i
    iqr=${i##*/}
    iqr=${iqr%.nc}

    cdo -a sub "$i" "$v" "$pidata/IQR-75sub25/${iqr}_iqr.nc"
done

为了解释"${!files[@]}"，从3.5.3手册中的 shell 参数展开：
${!name[@]}
${!name[*]}
如果 name 是一个数组变量，则扩展到 name 中分配的数组索引（键）列表。如果 name 不是数组，则如果设置了 name，则扩展为0，否则为null。当使用“@”并且展开出现在双引号内时，每个键都展开为一个单独的单词。