每次单击Add按钮（在适当的情况下，您知道），前面的每个复选框都会获得一个额外的事件侦听器。也就是说，第一次，它是确定的，只有一个事件监听器的复选框。
第二次，firstcheckbox为click事件获取两个事件监听器（本质上是相同的）。所以只要你选中复选框，它就会被取消选中（如果选中，取消选中你的代码）。
第三次，第一个复选框得到三个事件监听器，它们本质上是相同的，所以你点击它，它被选中，第二个事件监听器发现它被选中，所以取消选中，第三个事件监听器发现它被选中，所以取消选中。
因此，这里是我的建议，以避免事件侦听器的积累：

const addButton = document.querySelector(".search_add_container button");
const table = document.querySelector("table");
addButton.addEventListener("click", function(){
    var inputValue = document.getElementById("inputContent");
    var tableRow = document.createElement("tr");
    var dataCell = document.createElement("td");
    var dataCellInnerContainer = document.createElement("div");
    dataCellInnerContainer.className = "data_cell_container";
    var tableCheckboxes = document.createElement("div");
    tableCheckboxes.className = "checkbox_box";
    var img = document.createElement("img");
    img.src="starGrey.png";
    img.alt="starGrey";
    var cellHeader = document.createElement("h5");
    cellHeader.className = "cell_header";
    var cellTent = document.createElement("h5");
    cellTent.className = "cell_tent";
    var time = document.createElement("p");


    if(inputValue.value == ""){
        alert("Please add a note!");
    }else{
        cellHeader.innerText = inputValue.value;
        cellTent.innerText = inputValue.value;
        time.innerText = new Date().toLocaleTimeString([], { hour: '2-digit', minute: "2-digit" });
        table.appendChild(tableRow);
        tableRow.appendChild(dataCell);
        dataCell.appendChild(dataCellInnerContainer);
        dataCellInnerContainer.appendChild(tableCheckboxes);
        dataCellInnerContainer.appendChild(img);
        dataCellInnerContainer.appendChild(cellHeader);
        dataCellInnerContainer.appendChild(cellTent);
        dataCellInnerContainer.appendChild(time);

        inputValue.value = "";

    }
    
    var checkboxes = document.querySelectorAll(".data_cell_container .checkbox_box");
    let checkBoxIndex=0;
    checkboxes.forEach(checkbox => {
      if(checkBoxIndex===(checkboxes.length)-1){
        checkbox.addEventListener("click", () => {
            if(checkbox.classList.contains("checked")){
                checkbox.classList.remove("checked");
            }
            else{
                checkbox.classList.add("checked");
            }
        });
      }
      checkBoxIndex++;
    });
  
    inputValue.value = "";
});

为什么我使用一个新变量而不是indexOf()是因为如果数组中有多个类似的实体，它将不会返回所需的值。lastIndexOf()也是如此。
希望你觉得这有用。

这是因为在一个复选框上有多个单击处理程序。相反，做这个-

const addButton = document.querySelector(".search_add_container button");
const table = document.querySelector("table");

addButton.addEventListener("click", function() {
  var inputValue = document.getElementById("inputContent");
  var tableRow = document.createElement("tr");
  var dataCell = document.createElement("td");
  var dataCellInnerContainer = document.createElement("div");
  dataCellInnerContainer.className = "data_cell_container";
  var tableCheckboxes = document.createElement("div");
  tableCheckboxes.className = "checkbox_box";
  var img = document.createElement("img");
  img.src = "starGrey.png";
  img.alt = "starGrey";
  var cellHeader = document.createElement("h5");
  cellHeader.className = "cell_header";
  var cellTent = document.createElement("h5");
  cellTent.className = "cell_tent";
  var time = document.createElement("p");


  if (inputValue.value == "") {
    alert("Please add a note!");
  } else {
    cellHeader.innerText = inputValue.value;
    cellTent.innerText = inputValue.value;
    time.innerText = new Date().toLocaleTimeString([], {
      hour: '2-digit',
      minute: "2-digit"
    });
    table.appendChild(tableRow);
    tableRow.appendChild(dataCell);
    dataCell.appendChild(dataCellInnerContainer);
    dataCellInnerContainer.appendChild(tableCheckboxes);
    dataCellInnerContainer.appendChild(img);
    dataCellInnerContainer.appendChild(cellHeader);
    dataCellInnerContainer.appendChild(cellTent);
    dataCellInnerContainer.appendChild(time);

    inputValue.value = "";

  }

  var checkboxes = document.querySelectorAll(".data_cell_container .checkbox_box");
  var checkbox = checkboxes[checkboxes.length - 1]
    checkbox.addEventListener("click", () => {
      if (checkbox.classList.contains("checked")) {
        checkbox.classList.remove("checked");
      } else {
        checkbox.classList.add("checked");
      }
    });

  inputValue.value = "";
});

table {
  width: 100%;
}

tr td {
  position: relative;
  display: table-cell;
  vertical-align: center;
  border: 1px solid black;
}

td.checked {
  text-decoration: line-through;
}

.data_cell_container {
  position: relative;
  display: grid;
  grid-template-columns: 30px 30px calc(250px - 80px) auto 65px;
  grid-gap: 5px;
  padding: 5px 0 5px 20px;
}

.data_cell_container {
  position: relative;
  padding: 8px 20px;
}

.checkbox_box {
  position: relative;
  width: 16px;
  height: 16px;
  border: 2px solid #BABCBE;
  background-color: transparent;
  cursor: pointer;
}

.checkbox_box.checked::after {
  content: '';
  position: absolute;
  left: 3px;
  height: 4px;
  width: 10px;
  border-left: 2px solid #BABCBE;
  border-bottom: 2px solid #BABCBE;
  transform: rotate(-45deg);
  transform-origin: bottom;
}

.cell_header {
  max-width: calc(250px - 100px);
  white-space: nowrap;
  overflow: hidden;
  text-overflow: ellipsis;
}

.cell_tent {
  max-width: auto;
  white-space: nowrap;
  overflow: hidden;
  text-overflow: ellipsis;
}

.data_cell_container p {
  font-size: smaller;
  font-weight: bolder;
}

<header>
  <div class="search_add_container">
    <input type="text" placeholder="Add New List Item" id="inputContent">
    <img src="search.png" alt="searchicon">
    <button>Add</button>
  </div>
</header>

<div class="table_container">
  <table>

  </table>
</div>

这里，只选择最后一个元素（刚添加的元素）。