从ggplot2_2.0.0开始，order美学不再可用。要获得一个堆栈按填充颜色排序的图形，您可以简单地按要排序的分组变量对数据集进行排序。
我经常使用 dplyr 中的arrange。在这里，我在ggplot调用中按fill因子对数据集进行排序，而不是创建一个有序的数据集，但两者都可以正常工作。

library(dplyr)

ggplot(arrange(data, gclass), aes(mon, NG, fill = gclass)) +
    geom_bar(stat = "identity")

当然，这在base R中很容易做到，使用经典的order和提取括号：

ggplot(data[order(data$gclass), ], aes(mon, NG, fill = gclass)) +
    geom_bar(stat = "identity")

两种情况下的结果图现在都按所需顺序显示：

ggplot2_2.2.0更新

在ggplot_2.2.0中，填充顺序基于因子水平的顺序。默认顺序将在堆栈的 * 顶部 * 而不是底部绘制第一个级别。
如果你想在堆栈底部的第一层，你可以在position_stack中使用reverse = TRUE。注意，您也可以使用geom_col作为geom_bar(stat = "identity")的快捷方式。

ggplot(data, aes(mon, NG, fill = gclass)) +
    geom_col(position = position_stack(reverse = TRUE))

您还需要指定order外观。

ggplot(data,aes(mon,NG,fill=gclass,order=gclass))+
    geom_bar(stat="identity")

这可能是也可能不是bug。

要订购，您必须使用levels参数并通知订单。就像这样：

data$gclass
(data$gclass2 <- factor(data$gclass,levels=sample(levels(data$gclass)))) # Look the difference in the factors order
ggplot(data,aes(mon,NG,fill=gclass2))+geom_bar(stat="identity")

您可以使用scale_fill_函数更改颜色。例如：

ggplot(dd,aes(mon,NG,fill=gclass)) + 
  geom_bar(stat="identity") + 
  scale_fill_brewer(palette="blues")

要在bars中获得一致的排序，则需要对 Dataframe 进行排序：

dd = dd[with(dd, order(gclass, -NG)), ]

要更改图例的顺序，请更改gclass因子。比如说

dd$gclass= factor(dd$gclass,levels=sort(levels(dd$gclass), TRUE))

由于此交换首先显示为“因子填充订单”，因此我将添加一个解决方案，我认为这是一个更直接的解决方案，并且不需要更改您的基础数据。

ggplot(data,aes(x,y,fill=factor(category, levels = c("Down-Down", "Down-Stable", "Down-Up", "Stable-Down", "Stable-Stable", "Stable-Down", "Up-Down", "Up-Stable", "Up-Up"))) + 
geom_col(position = position_stack(reverse = FALSE))

或者，我更喜欢的是，我首先创建一个变量向量，以简化稍后的编码并使其更易于编辑：

v_factor_levels <- c("Down-Down", "Down-Stable", "Down-Up", "Stable-Down", "Stable-Stable", "Stable-Down", "Up-Down", "Up-Stable", "Up-Up")

ggplot(data,aes(x,y,fill=factor(category, levels = v_factor_levels)) + 
geom_col(position = position_stack(reverse = FALSE))

在geom_col（）中不需要reverse position元素，我保留了这些元素作为提醒，以防我想反转，但您可以通过消除它来进一步简化。

基于@aosmith的答案，我发现另一种订购酒吧的方法稍微更直观一些：

ggplot(data, aes(x=mon, y=reorder(NG,gclass), fill = gclass)) +
    geom_bar(stat = "identity")

base stats包中的reorder函数的妙处在于，你可以在reorder(based_on_dimension, y, function)中应用它，其中y是用sum、mean等函数根据based_on_dimension排序的。