更新：这个答案是为前两个版本的问题写的。我只是因为OP要求我取消删除它。它可能不适合当前版本的问题。有些事情可能是完全错误的。
这与行尾是否为CRLF无关。这只是一个split的问题。
如果我在代码中添加一个Dumper打印，其中您已拆分为变量@row

my @row = split /\$/;
use Data::Dumper;
print Dumper \@row;

我得到（对于第一个字段）：

$VAR1 = [
          '1',
          '4668',
          '',
          '',
          '
'
        ];

在分割的最后一个字段中可以看到尾随的换行符。
然后，当您将这些拆分结果视为数据中的真正列值时，将为换行符添加1个字段。
我看不出你在哪里删除最后一个$。也许这是你误解了什么？

建议方案：

如果这是csv数据，您应该使用csv模块来处理它。Text::CSV模块很好地做到了这一点。下面是一个处理输入的示例代码：

use strict;
use warnings;
use Text::CSV qw(csv);

my %inputs = qw(
  file1 file1.txt
  file2 file2.txt
);

my %outputs = qw(
  file1 newname1.csv
  file2 newname2.csv
);

for my $key (keys %inputs) {
    my $aoa = csv (in => $inputs{$key}, sep_char => '$');
    csv (in => $aoa, out => $outputs{$key}, sep_char => ',', always_quote => 1);
}

更新：
自从你编辑了你的问题并添加了一行代码，改变了 * 一切 * 并使你自己声称的输出“错误”，我发现了以下内容：
如果只有尾随的空字段，默认情况下split将删除这些空字段。这是可以修复的，如documentation for split：
如果LIMIT是负的，则它被视为任意大的;产生尽可能多的场。
如果LIMIT被省略（或者，等价地，零），则它通常被视为好像它是负的，但是例外的是尾部空字段被剥离（空的前导字段总是被保留）;如果所有字段都是空的，则所有字段都被认为是拖尾的（并且因此在这种情况下被剥离）。
换句话说，你可以改变

split /\$/;

到

split /\$/, $_, -1;

以修复丢失的尾随空字段。
唯一的问题是你还没有报告有这个问题（还没有）。所以，我想我们需要等待你更新你的问题。

• 注：这个答案的目的是澄清问题和一些解决方案，为未来的读者（由于我的问题不合时宜的编辑）。信用应该去@TLP答案。此外，正如他所建议的，正确的解决方案可能是使用Text::CSV模块，但破译这个问题是有教育意义的。

代码中有两个问题：
1.当使用\$\r\n或\$\R来匹配最后一个$符号时，它按预期工作。然而，由于最后一列是空的（即，没有CRLF包含在最后一列中），split drop them by default。
1.当使用\$$来匹配最后一个$符号时，CRLF被包含在最后一列中（我不明白为什么）;
在Linux上，一个可能的修复方法是：

• 通过将split /\$/;更改为split /\$/, $_, -1;来指定split的LIMIT参数（以修复问题1）;
• • 和 *（解决问题2）：
• 将正则表达式更改为匹配最后一个$符号，从\$$更改为\$\r\n（或\$\R）;（以下简称myscript_fix1.pl）
• 或者在while循环的开始添加local $/ = "\r\n"; chomp;，并保持正则表达式\$$与最后一个$匹配;（以下简称myscript_fix2.pl）
• 或者保留最后的$符号（即，删除s/\$$//;），并在split之后添加pop @row;。（以下简称myscript_fix3.pl）

在Windows上，需要进行一些调整。
在我的机器上使用file1.txt和file2.txt的一些计时重复了10000次：

$ time myscript_fix1.pl
real    0m0,199s
user    0m0,179s
sys     0m0,018s

$ time myscript_fix2.pl
real    0m0,234s
user    0m0,215s
sys     0m0,017s

$ time myscript_fix3.pl
real    0m0,176s
user    0m0,159s
sys     0m0,016s