我自己找到了解决办法。
我把代码贴出来，将来可能会对别人有帮助。

<?php

namespace MyProject\Factory;

use Doctrine\Common\Annotations\AnnotationReader;
use Doctrine\Common\Annotations\AnnotationRegistry;
use Doctrine\DBAL\DriverManager;
use Doctrine\ORM\Configuration;
use Doctrine\ORM\EntityManager;
use Doctrine\ORM\Mapping\Driver\AnnotationDriver;

class EntityManagerFactory
{
    /**
     * @param \PDO $pdo
     * @return EntityManager
     */
    public function create(\PDO $pdo)
    {
        $config = new Configuration();
        $config->setProxyDir(__DIR__ . '/EntityProxy');
        $config->setProxyNamespace('EntityProxy');
        $config->setAutoGenerateProxyClasses(true);

        AnnotationRegistry::registerFile(__DIR__ . '/../../vendor/doctrine/orm/lib/Doctrine/ORM/Mapping/Driver/DoctrineAnnotations.php');

        $config->setMetadataDriverImpl(new AnnotationDriver(
            new AnnotationReader(),
            array(__DIR__ . '/')
        ));

        return EntityManager::create(
            DriverManager::getConnection(
                [
                    'driver' => 'pdo_' . $pdo->getAttribute(\PDO::ATTR_DRIVER_NAME),
                    'pdo' => $pdo,
                ],
                $config),
            $config
        );
    }
}

我试过你的方法，大部分都有效。我遇到的问题是我的实体也有JmsSerializer注解。当我试图查找一个实体时，它抛出了一个异常，即JmsSerializer注解无法识别。
为了解决这个问题，我将AnnotationRegistry::registerFile更改为AnnotationRegistry::registerLoader('class_exists');，这样就解决了我的错误