这里的主要思想是将模式放置到(?!.*<pattern>)负lookaheads中，锚定在字符串的开头（^）。这里的困难在于，你的模式包含了未锚定的替换，如果没有分组，模式之前的.*将只引用第一个替换（即所有随后的替换将仅在串的开始处被求反。
因此，模式公式为^(?!.*(?:<PATTERN1>))(?!.*(?:<PATTERN2>))(?!.*(?:<PATTERN3>))。请注意，如果您只需要得到一个布尔结果，那么最后的.+或.*是可选的。请注意，在最后一个模式中，您需要删除第一个替代方案中的.*，使用.*.*没有意义。
使用

^(?!.*(?:[0-9]{4,5}\.FU|[0-9]{4,5}\.NG|[0-9]{4,5}\.SP|[0-9]{4,5}\.T|JGB[A-Z][0-9]|JNI[A-Z][0-9]|JN4F[A-Z][0-9]|JNM[A-Z][0-9]|JTI[A-Z][0-9]|JTM[A-Z][0-9]|NIY[A-Z][0-9]|SSI[A-Z][0-9]|JNI[A-Z][0-9]-[A-Z][0-9]|JTI[A-Z][0-9]-[A-Z][0-9]))(?!.*(?:[0-9]{4,5}\.HK|HSI[A-Z][0-9]|HMH[A-Z][0-9]|HCEI[A-Z][0-9]|HCEI[A-Z][0-9]-[A-Z][0-9]))(?!.*(?:\.SI|SFC[A-Z][0-9])).+

参见regex demo。
您也可以将公式收缩为^(?!.*(?:<PATTERN1>|<PATTERN2>|<PATTERN3>))：

^(?!.*(?:[0-9]{4,5}\.FU|[0-9]{4,5}\.NG|[0-9]{4,5}\.SP|[0-9]{4,5}\.T|JGB[A-Z][0-9]|JNI[A-Z][0-9]|JN4F[A-Z][0-9]|JNM[A-Z][0-9]|JTI[A-Z][0-9]|JTM[A-Z][0-9]|NIY[A-Z][0-9]|SSI[A-Z][0-9]|JNI[A-Z][0-9]-[A-Z][0-9]|JTI[A-Z][0-9]-[A-Z][0-9]|[0-9]{4,5}\.HK|HSI[A-Z][0-9]|HMH[A-Z][0-9]|HCEI[A-Z][0-9]|HCEI[A-Z][0-9]-[A-Z][0-9]|\.SI|SFC[A-Z][0-9])).+

参见another regex demo。