我不确定这里是否已经确认了答案，但我会向每个人指出Andrew Collier的article。
他建议：

（1）更新所有仓库

sudo apt update -y

（2）确保安装JRE和JDK 8

sudo apt install -y openjdk-8-jdk openjdk-8-jre

（3）然后，正如许多用户已经说过的那样，将R指向Java，并显式地指向JDK 8

sudo R CMD javareconf JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/

具体的Java包并不重要，只要它在/include目录中包含所有必要的编译内容。

user@laptop:~$ ls /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/include/
classfile_constants.h  jdwpTransport.h  jvmticmlr.h  linux
jawt.h                 jni.h            jvmti.h

关于这方面的更多信息，我建议使用 * how to make jni.h be found? * 来正确定位/编译这个目录。

R正在查看不同的位置：

detected JNI cpp flags    : -I/usr/lib/jvm/java/include -I/usr/lib/jvm/java/include/linux

我遇到了类似的问题，但安装JDK后一切都很好：

sudo apt-get install openjdk-8-jdk

有同样的问题。通过指定Java文件夹的路径进行修复。简单地说，安装Java后，您可能会得到这样一行代码。

update-alternatives: using /usr/lib/jvm/java-9-openjdk-amd64/bin/jar to provide /usr/bin/jar (jar) in auto mode

在调用javareconf时，我将该路径指定为JAVA_HOME参数，如下所示。

sudo R CMD javareconf JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-9-openjdk-amd64/bin/jar

希望这是有用的

我通过编辑java-config文件解决了这个问题

sudo nano /usr/lib/R/etc/javaconf

set the correct JAVA_HOME in this row:
: ${JAVA_HOME=/usr/local/java/jdk-9.0.1}

我已经在ubuntu 18.04上安装了Java 11，但必须按照以下指南安装jdk-11.0.1：https://websiteforstudents.com/how-to-install-oracle-java-jdk-11-on-ubuntu-18-04-16-04-18-10/
然后我在javaconf中更改了JAVA_HOME，就像@Spanska Forteva一样

sudo nano /usr/lib/R/etc/javaconfIn javaconf

我发现仍然指定了旧版本java的路径。

## Versions from settings when configure was run
: ${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/default-java}
: ${JAVA_CPPFLAGS=~autodetect~}
: ${JAVA_LD_LIBRARY_PATH=~autodetect~}
: ${JAVA_LIBS=~autodetect~}

我将JAVA_HOME的路径更改为新安装的jdk：

: ${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/jdk-11.0.1}

然后使用指定的jni. h路径运行CMD：

sudo R CMD javareconf /usr/lib/jvm/jdk-11.0.1/include/jni.h

最后一点可能不需要，它应该能够在该文件夹中寻找无论如何，但这就是我所做的。

有同样的问题，终于可以解决了。经过大量的搜索，这对我起作用了（我基本上遵循了这里的指南：https://www3.ntu.edu.sg/home/ehchua/programming/howto/JDK_Howto.html）：

• 将JDK（jdk1.8.0_201）下载并解包到/usr/java/
• 下载JRE（jre1.8.0_201）并将其解包到/usr/java/（不确定我是否需要这一步，但我在以前尝试解决这个问题时做过）
• 使用适当的版本通知Ubuntu新的Java

为此，我跑了：

$ sudo update-alternatives --install "/usr/bin/java" "java" "/usr/java/jdk1.8.0_201/bin/java" 1

$ sudo update-alternatives --install "/usr/bin/javac" "javac" "/usr/java/jdk1.8.0_201/bin/javac" 1

$ sudo update-alternatives --install "/usr/bin/javaws" "javaws" "/usr/java/jdk1.8.0_201/bin/javaws" 1

后面跟着

$ sudo update-alternatives --set java /usr/java/jdk1.8.0_201/bin/java

$ sudo update-alternatives --set javac /usr/java/jdk1.8.0_201/bin/javac

$ sudo update-alternatives --set javaws /usr/java/jdk1.8.0_201/bin/javaws

然后我终于可以在

sudo update-alternatives --config java

在这里我选择了新安装的Java。然后我就跑了

sudo R CMD javareconf JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.8.0_201/bin/

在其中我再次明确地指定了我的java jdk路径。在这成功完成之后，我能够在Rstudio中安装rJava，我需要安装glmulti。

在我的情况下，我不得不跑

R CMD javareconf

就像su一样，只是sudo不工作。

对于Ubuntu 22.04用户，openjdk-19-jdk和openjdk-19-jre可用。安装这些也解决了这个问题。最好使用最新版本：

sudo apt update -y
sudo apt install -y openjdk-19-jdk openjdk-19-jre
sudo R CMD javareconf JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-19-openjdk-amd64/