使用rpy2加载R包时R内核崩溃

bbuxkriu 于 2023-05-11 发布在其他

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首先，我是rpy 2/ jupyter的新手，所以如果这不是问我问题的正确地方，请不要评判我。
我试图使用R和Python设置数据分析的集成工作流程，遇到以下错误：
Ubuntu 19.04运行conda环境，使用Jupyter 1.0.0，Python 3.7.4，R 3.5.1，r-irkernel 1.0.2和rpy 2 3.1.0，我通过R安装了R包Seurat。
当我使用R内核创建Jupyter notebook时，我可以用library(Seurat)加载Seurat。
我也可以在python中使用rpy 2和rmagic来使用R代码，比如：

%load_ext rpy2.ipython

%%R
data(allen, package = 'scRNAseq')
adata_allen <- as(allen, 'SingleCellExperiment')

然而，当我尝试使用rpy 2加载Seurat时，内核崩溃了：

%%R
library(Seurat)

我得到了以下信息：
内核重启
内核似乎已经死亡。它会自动重启
Jupyter在命令行中给出以下消息：

[I 16:39:01.388 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (1/5), keep random ports
kernel 23284ec0-63d5-4b61-9ffa-b52d19851eab restarted

请注意，其他库（如library(dplyr)）使用rpy 2可以很好地加载。
我完整的conda环境可以在附件text file中找到。
我就是想不出是什么引起了这个问题。有没有一种方法可以从Jupyter获得更详细的错误消息？
您的帮助将不胜感激！
问候菲利克斯

来源：https://stackoverflow.com/questions/58611486/r-kernel-crashes-while-loading-r-package-using-rpy2

5条答案

按热度按时间

nc1teljy1#

这是对原始答案的编辑-segfault不应再发生。

R包Seurat使用了另一个R包reticulate，它提供了从R到Python的桥梁。
Python GIL由rpy 2端的cffi发布的问题，以及网状端无法确保获得GIL的问题导致了很长一段时间的segfault。但是，当前（2023）版本的rpy 2和reticulate应该可以一起工作。

赞(0）回复(0）举报 2023-05-11

ozxc1zmp2#

我也有同样的问题。但我降级到修拉3.0.2，你的问题将得到解决。要在conda中为rpy2使用用户定义的R内核，请在最开始（imoort rpy2之前）运行之前的代码

# user defined R installation
import os
os.environ['R_HOME'] = '/path/to/miniconda/envs/seurat/lib/R' #path to your R installation
os.environ['R_USER'] = '/path/to/miniconda/lib/python3.7/site-packages/rpy2' #path depends on where you installed Python.

赞(0）回复(0）举报 2023-05-11

uqzxnwby3#

这对我来说很有效，同时在从rpy2导入对象时面临内核死亡的问题：

import os
os.environ['R_HOME'] = '/Users/<your user>/anaconda3/envs/<env name>/lib/R'

# import your desired module
from rpy2.robjects.packages import importr

赞(0）回复(0）举报 2023-05-11

vsnjm48y4#

我也遇到了同样的问题，我也在docker中使用R和python以及Jupyter notebook。
我解决了内核崩溃的问题，我的notebook或Python代码如下：

import os \
os.environ['R_HOME'] = '/usr/lib/R'

/usr/lib/R是我的系统的R安装和库的位置，并且应该是rpy 2所需的R版本。希望这能帮上忙。

赞(0）回复(0）举报 2023-05-11

hi3rlvi25#

我尝试在jupyter/r-notebook:hub-2.3.1 Docker镜像中安装rpy2，该镜像随Python 3.10.5、IPython 8.4.0、R 4.1.3一起提供。
如果我在终端窗口中安装rpy2和pip：

python3 -m pip install rpy2

我在终端中启动IPython，输入import rpy2，第一步就成功了。但下一步，即：import rpy2.robjects as robjects会导致以下不太有指导意义的错误消息：

Error in glue(.Internal(R.home()), "library", "base", "R", "base", sep = .Platform$file.sep) : 
  4 arguments passed to .Internal(paste) which requires 3
Error: could not find function "attach"
Error: object '.ArgsEnv' not found
Fatal error: unable to initialize the JIT

原因是PyPI上的rpy2包与jupyter/r-notebook镜像中的Python和R安装之间存在一些微妙的不兼容性。发生不兼容的原因是Python和R * 是使用Conda* 在r-notebook映像中安装的。
如果我同时安装rpy2 * 和Conda*，如下所示：

conda install --yes rpy2

那么一切都能像广告上说的那样工作。

经验教训

1.如果Python和R是用OS包安装程序安装的，那么你可以 * 很可能 * 用pip安装rpy2。
1.如果Python和R是用Conda安装的，那么也用Conda安装rpy2。
1.（最尴尬的一点）：有一个jupyter/datascience-notebook，它预装了rpy2（加上很多其他的好东西），不需要安装任何东西：
jupyter/datascience-notebook包含来自Julia、Python和R社区的数据分析库。
jupyter/scipy-notebook和jupyter/r-notebook镜像中的所有内容，以及它们的祖先镜像rpy 2包Julia编译器和基本环境IJulia用于支持Jupyter笔记本HDF 5、Gadfly、RDasets包中的Julia代码

赞(0）回复(0）举报 2023-05-11

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