我想使用hic2cool将file1.hic文件转换为.cool，这是用Python编写的。我使用命令行转换文件：
hic2cool convert file1.hic file1.cool -r 10000回溯：
Traceback (most recent call last):
File "/home/melchua/.local/bin/hic2cool", line 5, in <module>
from hic2cool.__main__ import main
File "/home/melchua/.local/lib/python3.9/site-packages/hic2cool/__init__.py", line 2, in <module>
from .hic2cool_utils import (
File "/home/melchua/.local/lib/python3.9/site-packages/hic2cool/hic2cool_utils.py", line 27, in <module>
import cooler
File "/home/melchua/.local/lib/python3.9/site-packages/cooler/__init__.py", line 14, in <module>
from .api import Cooler, annotate
File "/home/melchua/.local/lib/python3.9/site-packages/cooler/api.py", line 12, in <module>
from .core import (get, region_to_offset, region_to_extent, RangeSelector1D,
File "/home/melchua/.local/lib/python3.9/site-packages/cooler/core.py", line 3, in <module>
from pandas.api.types import is_categorical
ImportError: cannot import name 'is_categorical' from 'pandas.api.types' (/home/melchua/.local/lib/python3.9/site-packages/pandas/api/types/__init__.py)
2条答案
按热度按时间sr4lhrrt1#
最新版本的
pandas 2.0.1似乎没有is_categorical，而是有is_categorical_dtype。似乎在hic2cool中，pandas版本没有固定到具有该版本的版本。我建议在发生更改之前安装
pandas的早期版本。或者安装较新版本的
cooler，因为他们更新了库以使用is_categorical_dtypej8ag8udp2#
看起来
hic2cool使用的is_categorical函数在pandas的新版本中已经 * 弃用 * 了自版本2.0.0起弃用：请改用pandas.api.types.is_categorical_dtype（）。
文件：https://pandas.pydata.org/docs/reference/api/pandas.Index.is_categorical.html
您可能需要安装一个旧版本的
pandas（< 2）才能使其工作-因为我相信hic2cool已经很长时间没有更新了