我只是在App.config中添加了一行代码就解决了同样的错误

<provider invariantName="System.Data.SQLite" type="System.Data.SQLite.EF6.SQLiteProviderServices, System.Data.SQLite.EF6"/>

PS：将provider添加到<configuration>> <entityFramework>> <providers>

下面是一个可用的app.config

<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<configuration>
  <configSections>
    <!-- For more information on Entity Framework configuration, visit http://go.microsoft.com/fwlink/?LinkID=237468 -->
    <section name="entityFramework" type="System.Data.Entity.Internal.ConfigFile.EntityFrameworkSection, EntityFramework, Version=6.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=b77a5c561934e089" requirePermission="false" />
  </configSections>
  <startup>
    <supportedRuntime version="v4.0" sku=".NETFramework,Version=v4.5.2" />
  </startup>

  <entityFramework>
    <providers>
      <provider invariantName="System.Data.SQLite" type="System.Data.SQLite.EF6.SQLiteProviderServices, System.Data.SQLite.EF6"/>
    </providers>
  </entityFramework>

  <connectionStrings>
    <!-- use AppDomain.SetData to set the DataDirectory -->
    <add name="MapDbConnectionStr" connectionString="Data Source=|DataDirectory|MapDb.sqlite" providerName="System.Data.SQLite" />
  </connectionStrings>

  <system.data>
    <DbProviderFactories>
      <remove invariant="System.Data.SQLite.EF6" />
      <add name="SQLite Data Provider" invariant="System.Data.SQLite" description="Data Provider for SQLite" type="System.Data.SQLite.SQLiteFactory, System.Data.SQLite" />
    </DbProviderFactories>
  </system.data>


</configuration>

我终于得到了它太工作
我正在使用：EF 6.1.3 http://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=40762和System.Data.SQLite 1.0.96.0 sqlite-netFx451-setup-bundle-x86-2013-1.0.96.0.exe
我按照描述中写道：Database first create entity framework 6.1.1 model using system.data.sqlite 1.0.93（在本说明中，安装了实体框架的nuget包-我也这样做了）
对于app.config文件，我使用了以下修复：https://stackoverflow.com/a/24324212/885349（由tomexou编写）
最后SQLite连接器没有显示在ADO.NET实体数据模型Map器中
缺少的链接是\bin文件夹。我必须为以下dll设置“Copy Local”= true设置：

• SQLite.Designer
• System.Data.SQLite
• System.Data.SQLite.EF6
• System.Data.SQLite.Linq

仅用于完整性-通过Nuget添加，也可以在\bin文件夹中添加

• EntityFramework
• EntityFramework.SqlServer

SQLite连接显示...

试试这些调整：

<providers>
  ...
  <provider invariantName="System.Data.SQLite" type="System.Data.SQLite.EF6.SQLiteProviderServices, System.Data.SQLite.EF6"/>
</providers>

<system.data>
    <DbProviderFactories>
        <remove invariant="System.Data.SQLite.EF6" />
        <add name="SQLite Data Provider" invariant="System.Data.SQLite" description="Data Provider for SQLite" type="System.Data.SQLite.SQLiteFactory, System.Data.SQLite" />
    </DbProviderFactories>
</system.data>

参见Entity Framework 6 + SQLite

经过一个星期的搜索，我相信这个问题是sqlite团队在开发中的一个功能。
更多信息可在此处找到SQLite connection not appearing in Entity Data Model Wizard
编辑：也许寻找一些不同的供应商似乎是值得的。虽然我自己没有测试过，但http://www.devart.com/dotconnect/提供了一些有希望的替代方案，并声明了EF兼容性。

没有一个建议的解决方案对我有效。当我试图运行Add-Migration SampleMigration或Update-Database时，这里的和答案linked related thread中的都不是。
如果这可能会帮助其他人有同样的问题，我想分享我们目前的解决方案。我不太了解EF，但是一个同事发现了这个解决方法，使VS识别类型并将其包含在构建管道中。

// this is required for migrations to work, VS complains about missing sql providers
var x = typeof(System.Data.Entity.SqlServer.SqlProviderServices);

public class EFConfiguration : DbConfiguration
{
    public EFConfiguration()
    {
        SetDefaultConnectionFactory(new LocalDbConnectionFactory("v.11"));

        //HACK
        var EF6ProviderServicesType = typeof(System.Data.SQLite.EF6.SQLiteProviderFactory).Assembly.DefinedTypes.First(x => x.Name == "SQLiteProviderServices");
        var EF6ProviderServices = (DbProviderServices)Activator.CreateInstance(EF6ProviderServicesType);
        SetProviderServices("System.Data.SQLite.EF6", EF6ProviderServices);
        SetProviderServices("System.Data.SqlClient", System.Data.Entity.SqlServer.SqlProviderServices.Instance);
        SetProviderFactory("System.Data.SQLite.EF6", System.Data.SQLite.EF6.SQLiteProviderFactory.Instance);
        SetProviderFactory("System.Data.SQLite", System.Data.SQLite.SQLiteFactory.Instance);
    }
}