在Windows和Python3.7.4下安装RDKit

neekobn8  于 2023-05-19  发布在  Windows
关注(0)|答案(2)|浏览(317)

RDKit可能是一个不错的软件包,如果它安装起来不那么复杂的话。在SO上,有几个问题有安装RDKit的问题。但是,在不同的操作系统或不同的环境下。

**我的配置是:**Win10,Python 3.7.4,安装pip,设置PATH,设置PYTHONPATH。其他模块的安装通过python -m pip install <package>正常工作。

我知道site推荐使用Anaconda最快的安装。但是,我没有,也不想要Anaconda。
webpage上说:“从以下位置获取适当的windows二进制版本:https://github.com/rdkit/rdkit/releases“。但是,没有最新版本的二进制文件。
这意味着,我必须从源头建立它。我在犹豫,因为这个过程似乎相当复杂,许多额外的安装有新的问题和未知,而且,对于第一次从源代码构建二进制文件的人来说,说明似乎已经过时和不完整。
所以,然后我尝试了一些非官方的RDKit二进制文件。
如果我打开它们并根据说明设置路径,我会得到以下错误消息:

>>> from rdkit import Chem
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "C:\Users\xyz\Programs\RDKit\rdkit\__init__.py", line 2, in <module>
    from .rdBase import rdkitVersion as __version__
ImportError: DLL load failed: The specified module could not be found.

最后,我的问题:

  • 如何正确安装上述配置的RDKit?
  • 缺少的指定DLL是什么?
  • 它在哪里期待它,寻找它?
  • 这些RDKit 3.6二进制文件是否与Python 3.7.4不兼容?

我很确定这可能是一个“小”的东西(这里的路径或那里的检查),但我卡住了。谢谢你的任何提示。

更新:

显然,这不仅仅是一个“小”的事情。让这个工作的机会很可能非常低。同时我发现了这个:
https://github.com/rdkit/rdkit/issues/1812
https://github.com/rdkit/rdkit/issues/2389
如果rdkit的作者写道(2019年4月):
我很高兴能够做RDKit的pip发行版,但据我所知,还没有人设法弄清楚如何使它真正工作。
我很乐意接受一个公关的人谁已经明白了这一点,但我不太可能有时间做这自己在不久的将来任何时候。
所以,如果有人觉得有能力做到这一点,请放心。我会在其他东西上投入时间,或者如果我想使用RDKit,我将不得不切换到Anaconda。

gg58donl

gg58donl1#

在您链接的webpage上,有一个关于缺少DLL的部分:
在Win7系统中,您可能会因为缺少DLL而遇到麻烦,请参阅邮件列表中的一个线程:http://www.mail-archive.com/rdkit-discuss@lists.sourceforge.net/msg01632.html您可以从此处下载缺少的DLL:http://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=5555
不确定这是否有帮助

kgsdhlau

kgsdhlau2#

为了结束这个问题。
与此同时,RDKit的安装似乎可以在没有conda的情况下完成(也许不是用Python 3.7.4,但至少我用Python 3.11.1成功了)

pip install rdkit

查看以下更新:https://github.com/rdkit/rdkit/issues/1812
以及@VandanRevanur在2023年的评论:How to install a package rdkit from Conda with pip?

相关问题