在Windows 10的RStudio中,我编写了一个并行执行计算的函数,如下所示:
doSomething = function(a, b, c) {
# Inner function that does the actual work when parallelised
work = function (a, b, c) {
# Do something
e = func1(a, b)
f = func2(c)
result = e + f
return(result)
}
# Carry out work in parallel
cl = makeCluster(6)
registerDoParallel(cl)
output = foreach(i = 1:10, .packages=c("foo", "bar")) %dopar%
work(a, b, c)
stopCluster(cl)
return(output)
}
如果我从R脚本将函数加载到内存中,这将工作得很好;但是,我想把它包含在我正在编写一个包中。因此,在包文件中,我小心地标识外部函数的名称空间,并在DESCRIPTION
文件中引用它们的包。例如:
doSomething = function(a, b, c) {
# Inner function that does the actual work when parallelised
work = function (a, b, c) {
# Do something
e = foo::func1(a, b)
f = bar::func2(c)
result = e + f
return(result)
}
# Carry out work in parallel
cl = parallel::makeCluster(6)
doParallel::registerDoParallel(cl)
output = foreach::foreach(i = 1:10, .packages=c("foo", "bar")) %dopar%
work(a, b, c)
parallel::stopCluster(cl)
return(output)
}
在DESCRIPTION
文件中:
...
Imports:
foo,
bar,
doParallel,
foreach,
parallel
(编辑)NAMESPACE
文件包含以下内容:
# Generated by roxygen2 (4.1.1): do not edit by hand
export(doSomething)
问题是,当我构建我的包并在包外运行函数时,我得到以下错误并停止执行:
Error in doSomething(a, b, c):
could not find function "%dopar%"
由于%dopar%
是一个操作符,而不是一个函数,所以我不能在包函数中将foreach::
作为前缀。
我不知道我需要做什么才能让它正常工作。此外,我所读到的类似问题中有95%是由于.packages()
的遗漏导致的错误,而不是%dopar%
运算符本身无法识别。这似乎不是这里的原因。
救命啊!
2条答案
按热度按时间jqjz2hbq1#
快速修复foreach %dopar%的问题是重新安装这些软件包:
上述包负责R中的并行性。这些软件包的旧版本中存在的错误现在已被删除。我应该提到的是,即使你没有直接在你的项目/包中使用这些包,它也很可能会有帮助。
vsnjm48y2#
我发现自己处于类似的情况,我在做
foreach::%dopar%
之类的事情时遇到了困难。所以,使用Mr. Flick's注解,我更新了我的函数文档,包含了像@importFrom foreach %dopar%
这样的行。换句话说,你的函数可以看起来像这样,所以你可以使用%dopar%而不使用::
运算符:然后调用
devtools::document()
,它会处理剩下的事情。