“...我不认为这将执行查询API的R脚本中的代码..."：您弄错了。
您没有提供API或计算的详细信息，因此我仅通过生成一个随机的tibble来模拟对API的调用。另外，为了保存您等待五分钟查看数据变化的时间，我每两秒查询一次“API”。

library(shiny)
library(tidyverse)

queryAPI <- function() {
  tibble(X = rnorm(5), Y = rnorm(5))
}

ui <- fluidPage(
  tableOutput("table"),
  plotOutput("plot")
)

server <- function(input, output, session) {
  apiData <- reactive({
    invalidateLater(2000)
    queryAPI()
  })
  
  output$table <- renderTable({ apiData() })
  
  output$plot <- renderPlot({ 
    apiData() %>% ggplot() + geom_point(aes(x = X, y = Y))
  })
}

shinyApp(ui, server)