使用R读取GSE表

wnvonmuf 于 2023-05-20 发布在其他

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我通过在R中运行这个命令下载了补充文件，

filePaths = getGEOSuppFiles("GSE60341")

这创建了两个文件，

GSE60341_nanostring_processed_data.txt;以及
GSE60341_RAW
如何让R读取GSE60341_nanostring_processed_data.txt作为有意义的 Dataframe ？

来源：https://stackoverflow.com/questions/28176469/using-r-to-read-a-gse-table

1条答案

按热度按时间

read.table可能是最好的选择，甚至可以读取 *.gz文件：

temp <- read.table("GSE60341/GSE60341_nanostring_processed_data.txt.gz")
> dim(temp)
[1]  251 1950

这里有一个很棒的GEOquery教程here

赞(0）回复(0）举报 2023-05-20

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