我能够生成正确的Map，并以[1, 2]为起点，代码如下：改编自你的
我创建了一个Maze类，使用map方法填充map、rows和columns字段。
此外，我创建了一个startingPoint方法来返回起始点行和列索引的int[]。
最后，我创建了一个重写的toString方法来打印迷宫。
您可以使用Arrays.binarySearch查找X。

class Maze {
    File file;
    char[][] map;
    int rows, columns;

    Maze(String path) throws IOException {
        file = new File(path);
        map();
    }

    void map() throws IOException {
        StringBuilder string = new StringBuilder();
        String line;
        try (BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader(file))) {
            String newline = System.lineSeparator();
            rows = 0;
            while ((line = reader.readLine()) != null) {
                if (rows++ != 0) string.append(newline);
                string.append(line);
                columns = line.length();
            }
        }
        BufferedReader reader = new BufferedReader(new StringReader(string.toString()));
        map = new char[rows][columns];
        int index = 0;
        while ((line = reader.readLine()) != null)
            map[index++] = line.toCharArray();
    }

    int[] startPoint() {
        int index = 0;
        int column;
        for (char[] row : map) {
            if ((column = Arrays.binarySearch(row, 'X')) > 0)
                return new int[] { index, column };
            index++;
        }
        return null;
    }

    @Override
    public String toString() {
        StringBuilder string = new StringBuilder();
        String newline = System.lineSeparator();
        for (char[] row : map)
            string.append(row).append(newline);
        return string.toString();
    }
}

11111
1 X 1
1 1 1
1   1
111 1

[1, 2]

public static char[][] readMaze(Path file) throws IOException {
    return Files.lines(file).map(String::toCharArray).toArray(char[][]::new);
}

将读取您的迷宫，而不需要任何标题。只要把迷宫本身储存起来就行了。
您的问题源于阅读行分隔符。它们是存在的，因为没有被readLine调用使用

您的问题似乎出在与阅读文件并将其存储在Map中相关的逻辑中。
您可以简单地读取文本文件并存储所有行。
然后，总行=行数
和总列=第一行的大小
这样，您就不必多次打开该文件。
关于阅读每一行存储在char数组=>
由于您的输入包含空格和换行符，因此最好使用reader.readline()而不是reader.read()。
阅读更多关于read（）和readLine（）的内容：
BufferedReader read() not working
BufferedReader will not read final line of input
但是，您也可以使用更简单的逻辑，如下面的示例代码来读取文件并存储它：

private static char[][] getMapFromFile() throws IOException {

    List < String > allLines = Files.readAllLines(Paths.get(filePath));
    int totalRows = allLines.size();
    int totalColumns = allLines.get(0).length();

    char[][] map = new char[totalRows][totalColumns];

    for (int i = 0; i < totalRows; i++) {
        String currentLine = allLines.get(i);
        for (int j = 0; j < totalColumns; j++) {
            map[i][j] = currentLine.charAt(j);
        }
    }
    return map;
}