如果你不是在搜索第一个元素（arr[0][0]处的值），那么第一次迭代中的第一个if将不会被计算为true，flag也不会被设置为1。因此，第二个if的主体将被执行，输出总是"this is not in the program\n"。除此之外，我猜你希望你的break在那之后在if的范围内。
因此，实际上，您需要将第二个if和属于它的代码移动到代码的末尾，以获得所需的结果。
我不确定你是否只想打印第一个找到的元素的索引。但我猜你只想要一个，因为你的break在第一个if的身体？
如果是这样，你也需要退出外部的for循环。然后，您的代码可能看起来像这样：

#include <stdio.h>

void main()
{
    int arr[2][3] = { {1,2,3},{4,5,6} };
    int n, row, column, i, j, flag = 0;

    printf("enter your number\n");
    scanf("%d", &n);

    row = sizeof(arr) / sizeof(arr[0]);
    column = sizeof(arr[0]) / row;

    for (i = 0; i < row; i++)
    {
        for (j = 0; j < column; j++)
        {
            if (n == arr[i][j])
            {
                printf("the number is at index\n %d %d", i, j);
                flag = 1;
                break;
            }
        }

        if (flag != 0)
            break;
    }

    if (flag == 0)
        printf("this is not in the program\n");
}

顺便问一下，如果这两个值都已经被硬编码了，那么计算row和column的意义是什么？我建议你可以将它们改为const int s并使用它们来创建你的数组。你可以有你的变量定义，然后像下面这样：

const int row = 2;
const int column = 3;
int arr[row][column] = { {1,2,3},{4,5,6} };
int n, i, j, flag = 0;