我在Linux中有几个目录，每个目录都有相同的VCF文件名和相同的初始几行。在这些相同的信息线后面是我需要的数据。我想基本上写一个命令行代码，去这些目录中的每一个，编辑文件，使信息行被删除，我只留下数据。
当我对一个单独的文件进行这种尝试时，我使用以下代码

find . -type f -name "File.vcf" -print0 |
    while IFS= read -r -d '' file; do
        awk 'substr($0,1,3)=="chr"' $file > "$(echo "$file" | cut -d'_' -f2)"_cleaned.vcf
    done

这工作，只给我行，开始与chr这是我想要的。现在我试着加强这一点，用一个命令，我想一石七鸟，并编写了以下代码：

for i in "directory"; do
    cd /user/xxxxxxxx/$i |
        find . -type f -name "File.vcf" -print0 |
        while IFS= read -r -d '' file; do
            awk 'substr($0,1,3)=="chr"' $file > "$(echo "$file" | cut -d'_' -f2)"_cleaned.vcf
        done
    done

当我运行这个时，文件被完全清空，我不明白为什么。我还在努力掌握linux和命令行功能，但如果有人有提示，我将不胜感激。